Методы неэмпирического расчета свойств молекул

[icq238777372]

А можно мне какие-нибудь подробности о программе Priroda скинуть?

[Alex Granovsky]

Sorry ññûëêà äåéñòâèòåëüíî íå ðàáîòàåò, ïî ïðè÷èíå îáíîâëåíèÿ ñàéòà êèäàþ íîâóþ http://www.muctr.edu.ru/~quant/konspekt_atom.htm
òàì â ìàòåðèàëàõ ïî êâàíòîâîé õèìèè ìîëóêóëû ìîæíî íàéòè ñðàâíåíèå ðåçóëüòàòîâ ðàññ÷åòîâ ðàçëè÷íûìè ìåòîäàìè è â ðàçíûõ áàçèñàõ ñ ýêñïåðèìåíòîì... Íàñ÷åò Gamess âû íå ïðàâû - åñòü âåðñèÿ Gamess äëÿ Win32 ðàáîòàåò ÷åðåç Cygwin è íàçûâàåòñÿ WinGamess, îíà â îòëè÷èå îò âåðñèè Ãðàíîâñêîãî ñîäåðæèò âñå ïîñëåäíèå íàâîââåäåíèÿ â êîìïëåêñ, íî ðàáîòàåò ÷óòü ìåäëåííåå.  íåé êëàñòåðû åñòü öèòèðóþ help:
Òàê ÷òî âñå òàì åñòü

See http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/ ... amess.html

[Rt19]

Красивый ответ!

[Nord]

с нетерпением ждем бенчмарков CIS и большого MCQDPT!

В свою очередь, хотелось бы видеть включение в PC-GAMESS методов CC, а также, (я не уверен, что это уже не сделано) ядерных градиентов в TDHF и TDDFT, совместно с расчетом дипольных моментов переходов.

[Alex Granovsky]

ñ íåòåðïåíèåì æäåì áåí÷ìàðêîâ CIS è áîëüøîãî MCQDPT!

 ñâîþ î÷åðåäü, õîòåëîñü áû âèäåòü âêëþ÷åíèå â PC-GAMESS ìåòîäîâ CC, à òàêæå, (ÿ íå óâåðåí, ÷òî ýòî óæå íå ñäåëàíî) ÿäåðíûõ ãðàäèåíòîâ â TDHF è TDDFT, ñîâìåñòíî ñ ðàñ÷åòîì äèïîëüíûõ ìîìåíòîâ ïåðåõîäîâ.

We have just added CASSCF and CIS benchmarks. As to MCQDPT, we are working on this but it seems that really large MCQDPT job will take months of CPU time using GAMESS (US).

As to TDHF and TDDFT gradienst, they are in the list of our priorities. Do you actually need TD transition moments, not only oscillator stengths (which are available)?

[Nord]

We have just added CASSCF and CIS benchmarks. As to MCQDPT, we are working on this but it seems that really large MCQDPT job will take months of CPU time using GAMESS (US).

Такие вопросы:
1. "большой расчет MCQDPT" подразумевает большое количество виртуальных орбиталей при относительно небольших активных пространствах или наоборот, большие активные пространства?

2. Планируется ли модификация кода MCQDPT для использования не только CAS, но и более гибких, типа ORMAS. Если я правильно понимаю ее идеологию, то с помощью ORMAS можно имитировать волновую функцию GVB, а значит, более эффективно отделять эффекты динамической корреляции (учитываемой методами типа MPn и CC) от кинематических эффектов (вырождений и связанной с ними неодноконфигурационности электронной ВФ)

As to TDHF and TDDFT gradienst, they are in the list of our priorities. Do you actually need TD transition moments, not only oscillator stengths (which are available)?

да, хотелось бы именно дипольных моментов перехода.

[Alex Granovsky]

Òàêèå âîïðîñû:
1. "áîëüøîé ðàñ÷åò MCQDPT" ïîäðàçóìåâàåò áîëüøîå êîëè÷åñòâî âèðòóàëüíûõ îðáèòàëåé ïðè îòíîñèòåëüíî íåáîëüøèõ àêòèâíûõ ïðîñòðàíñòâàõ èëè íàîáîðîò, áîëüøèå àêòèâíûå ïðîñòðàíñòâà?

This means large molecules using large basis sets and moderate active spaces (e.g., (12,12), (14,14), or (14,16)). This also means use of ISA technique. The largest system we dealt with has about 1500 basis functions and 80 double-occupied orbitals with CAS space of (12,12).

2. Ïëàíèðóåòñÿ ëè ìîäèôèêàöèÿ êîäà MCQDPT äëÿ èñïîëüçîâàíèÿ íå òîëüêî CAS, íî è áîëåå ãèáêèõ, òèïà ORMAS. Åñëè ÿ ïðàâèëüíî ïîíèìàþ åå èäåîëîãèþ, òî ñ ïîìîùüþ ORMAS ìîæíî èìèòèðîâàòü âîëíîâóþ ôóíêöèþ GVB, à çíà÷èò, áîëåå ýôôåêòèâíî îòäåëÿòü ýôôåêòû äèíàìè÷åñêîé êîððåëÿöèè (ó÷èòûâàåìîé ìåòîäàìè òèïà MPn è CC) îò êèíåìàòè÷åñêèõ ýôôåêòîâ (âûðîæäåíèé è ñâÿçàííîé ñ íèìè íåîäíîêîíôèãóðàöèîííîñòè ýëåêòðîííîé ÂÔ)

No, we do not plan to implement this feature in the near future.

äà, õîòåëîñü áû èìåííî äèïîëüíûõ ìîìåíòîâ ïåðåõîäà.

Well, we have already several requests to add them to printout. Actually, transition moments are calculated internally to get the oscillator strength values, they simply are not printed out.

[Nord]

2. Планируется ли модификация кода MCQDPT для использования не только CAS, но и более гибких, типа ORMAS. Если я правильно понимаю ее идеологию, то с помощью ORMAS можно имитировать волновую функцию GVB, а значит, более эффективно отделять эффекты динамической корреляции (учитываемой методами типа MPn и CC) от кинематических эффектов (вырождений и связанной с ними неодноконфигурационности электронной ВФ)

No, we do not plan to implement this feature in the near future.

жаль, конечно. Мне думается, что эта возможность существенно может расширить круг приложений MCQDPT.

Well, we have already several requests to add them to printout. Actually, transition moments are calculated internally to get the oscillator strength values, they simply are not printed out.

можно включить возможность вывода соответствующих величин выставлением некоторой опции... Впрочем, на Ваш вкус.

[Alex Granovsky]

2. Ïëàíèðóåòñÿ ëè ìîäèôèêàöèÿ êîäà MCQDPT äëÿ èñïîëüçîâàíèÿ íå òîëüêî CAS, íî è áîëåå ãèáêèõ, òèïà ORMAS. Åñëè ÿ ïðàâèëüíî ïîíèìàþ åå èäåîëîãèþ, òî ñ ïîìîùüþ ORMAS ìîæíî èìèòèðîâàòü âîëíîâóþ ôóíêöèþ GVB, à çíà÷èò, áîëåå ýôôåêòèâíî îòäåëÿòü ýôôåêòû äèíàìè÷åñêîé êîððåëÿöèè (ó÷èòûâàåìîé ìåòîäàìè òèïà MPn è CC) îò êèíåìàòè÷åñêèõ ýôôåêòîâ (âûðîæäåíèé è ñâÿçàííîé ñ íèìè íåîäíîêîíôèãóðàöèîííîñòè ýëåêòðîííîé ÂÔ)

No, we do not plan to implement this feature in the near future.

æàëü, êîíå÷íî. Ìíå äóìàåòñÿ, ÷òî ýòà âîçìîæíîñòü ñóùåñòâåííî ìîæåò ðàñøèðèòü êðóã ïðèëîæåíèé MCQDPT.

Ìíå òîæå æàëü... íî ìû íå ìîæåì äåëàòü âñå ñðàçó

[Yu/2]

Alex Granovsky, а нельзя ли получить у Вас последнюю версию PC GAMESS? Кода-то я писал пару раз почтой по этому поводу, но ответа не получал.

[Alex Granovsky]

Alex Granovsky, à íåëüçÿ ëè ïîëó÷èòü ó Âàñ ïîñëåäíþþ âåðñèþ PC GAMESS? Êîäà-òî ÿ ïèñàë ïàðó ðàç ïî÷òîé ïî ýòîìó ïîâîäó, íî îòâåòà íå ïîëó÷àë.

Ïîëó÷èòü ìîæíî. Äëÿ ýòîãî íàäî:

1. Çàðåãèñòðèðîâàòüñÿ íà ñàéòå â Àéîâå, ñêà÷àòü àðõèâû è ïîëó÷èòü ïåðâûé ïàðîëü
2. Íàïèñàòü íàì ïèñüìî ñ èíôîðìàöèåé, íåîáõîäèìîé äëÿ ðåãèñòðàöèè

Ìû îòâå÷àåì íà _âñå_ ïèñüìà, îñíîâíûå ïðîáëåìû âîçíèêàþò èç-çà òîãî,
÷òî íàì ÷àñòî ïèøóò ñ íåíàäåæíî ðàáîòàþùèõ áåñïëàòíûõ ïî÷òîâûõ ñèñòåì, êîòîðûå èíîãäà ðàñöåíèâàþò íàø îòâåò êàê ñïàì. Êðîìå òîãî, ìíîãèå íå ñëåäÿò çà ñîñòîÿíèåì ñâîèõ ïî÷òîâûõ ÿùèêîâ, è, åñëè îí ïåðåïîëíåí, òîæå íå ïîëó÷àþò íàøèõ ïèñåì. Òàê ÷òî, åñëè Âû ðàíåå íå ïîëó÷àëè îò íàñ ëèöåíçèè, ó Âàñ ïðîñòî ïðîáëåìû ñ ïî÷òîé.

[Yu/2]

Спасибо! На след. неделе обязательно напишу Вам письмо.

[Yu/2]

Мы отвечаем на _все_ письма, основные проблемы возникают из-за того,
что нам часто пишут с ненадежно работающих бесплатных почтовых систем, которые иногда расценивают наш ответ как спам. Кроме того, многие не следят за состоянием своих почтовых ящиков, и, если он переполнен, тоже не получают наших писем. Так что, если Вы ранее не получали от нас лицензии, у Вас просто проблемы с почтой.

Ну вот, я написал в субботу письмо с просьбой выслать пароль. Ящик на rambler-e. Сейчас напишу с yandex-a, туда вообще все приходит, включая откровенный спам.

[Alex Granovsky]

Ìû îòâå÷àåì íà _âñå_ ïèñüìà, îñíîâíûå ïðîáëåìû âîçíèêàþò èç-çà òîãî,
÷òî íàì ÷àñòî ïèøóò ñ íåíàäåæíî ðàáîòàþùèõ áåñïëàòíûõ ïî÷òîâûõ ñèñòåì, êîòîðûå èíîãäà ðàñöåíèâàþò íàø îòâåò êàê ñïàì. Êðîìå òîãî, ìíîãèå íå ñëåäÿò çà ñîñòîÿíèåì ñâîèõ ïî÷òîâûõ ÿùèêîâ, è, åñëè îí ïåðåïîëíåí, òîæå íå ïîëó÷àþò íàøèõ ïèñåì. Òàê ÷òî, åñëè Âû ðàíåå íå ïîëó÷àëè îò íàñ ëèöåíçèè, ó Âàñ ïðîñòî ïðîáëåìû ñ ïî÷òîé.

Íó âîò, ÿ íàïèñàë â ñóááîòó ïèñüìî ñ ïðîñüáîé âûñëàòü ïàðîëü. ßùèê íà rambler-e. Ñåé÷àñ íàïèøó ñ yandex-a, òóäà âîîáùå âñå ïðèõîäèò, âêëþ÷àÿ îòêðîâåííûé ñïàì.

Íà ñàìîì äåëå ìû Âàì îòâåòèëè åùå â ñóááîòó.

ß ñåé÷àñ ïðîâåðèë, îêàçûâàåòñÿ íàø äîìåí (chem.msu.su) áëîêèðóåòñÿ ïî÷òîâîé ñëóæáîé rambler'à. Ïîýòîìó ñ àäðåñàìè íà rambler'å äåéñòâèòåëüíî ïðîáëåìû. ß òîëüêî ÷òî îòâåòèë íà Âàøå âòîðîå ïèñüìî, è íàäåþñü, ÷òî â ýòîò ðàç îòâåò äî Âàñ äîøåë. Íà âñÿêèé ñëó÷àé ìû ñåé÷àñ ïðîäóáëèðîâàëè ñ google ïèñüìà âñåì íàøèì çàðåãèñòðèðîâàííûì ïîëüçîâàòåëÿì, èñïîëüçóþùèì rambler (ê ñ÷àñòüþ, ó íàñ èõ îêàçàëîñü íåìíîãî).

[Yu/2]

На самом деле мы Вам ответили еще в субботу.

Я сейчас проверил, оказывается наш домен (chem.msu.su) блокируется почтовой службой rambler'а. Поэтому с адресами на rambler'е действительно проблемы. Я только что ответил на Ваше второе письмо, и надеюсь, что в этот раз ответ до Вас дошел. На всякий случай мы сейчас продублировали с google письма всем нашим зарегистрированным пользователям, использующим rambler (к счастью, у нас их оказалось немного).

Да, спасибо, до меня дошло письмо на yandex. Я еще никогда не встречал таких проблем с rambler-ом. Буду теперь знать. Может и админам на rambler.ru стоит отписать.

[Alex Granovsky]

äà, õîòåëîñü áû èìåííî äèïîëüíûõ ìîìåíòîâ ïåðåõîäà.

We have just added this feature to the PC GAMESS' CIS/TD code. It is supposed that PC GAMESS binaries at ISU will be refreshed within a week or two to include minor bugfixes, improvements, and additional optimization for Intel Core 2 microarchitecture. New binaries will incorporate the functionality you are asked for.

We have also published the preliminary PC GAMESS benchmarks on Intel Core 2 Duo (Conroe) on the PC GAMESS homepage (see performance -> pc gamess vs wingamess -> conroe results).

[Drg]

Подскажите пожалуйста какими методами получают электронные атомные базисы
для программ типа MOLPRO. Тоесть как они оптимизируются (может Хартри-Фока)?
Как подбирают и оптимизируют диффузную, поляризационную функцию?
Сколько приходится включать и какой импирический материал о атомах?
Понятно, что это больше модели атома касается, чем применения в MOLPRO.
Таким образом вопрос можно разделить на два
1) Это каким методом оптимизируется атомный базис, через гауссианы, как считаются
Diffuse functions, Polarization functions, ECP и так далее.
В частности, что следует из чистой ab initio оптимизации, а что с привлечением
импирических данных (ну окромя заряда конечно)?

2) Какие дополнительные данные для MOLPRO содержит такой базис записанный именно
для MOLPRO, кроме специфического соответствующего формата записи и контракторов?
Ну может данные о специфических свойствах при построении молекулярных орбиталей
в определенного вида простых соединениях?


И маненькая просьба. Мнеб MOLPRO поюзать дома для самообучения
Может кто поможет?. (да, да я в курсе о c...l, но все же)

[cynnamoyl]

Попробую здесь задать вопрос:
Где можна достать хваленую програму Priroda и документацию на нее?

[robin]

Присоединяюсь к предыдущему посту. Т.е. где ее взять?

[Cherep]

Читал я тут JOC. В статье был текст

DFT Calculations. Molecular modeling calculations were performed using the DFT program “PRIRODA” developed by Dmitri Laikov.36
<...>
(36) Laikov, D. N.; Ustynyuk, Yu. A. Russ. Chem. Bull., Int. Ed. 2005,
3, 820-826.

Наверное в той статье есть контакты...