Методы неэмпирического расчета свойств молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Сб ноя 13, 2004 7:48 pm

Yu/2 писал(а):Мне кажется что оптимизировать (с точки зрения пользователя) больше некуда. Симметрия - точно Td. Памяти я дал задаче максимум возможного.
Gaussian славится своими "тормозами". Других программ для связанных кластеров я не знаю.
Да, пожалуй согласен.
Могу порекомендовать
Columbus - free
Molcas - commercial
Molpro - commercial
GAMESS US (original) - free, правда я не уверен, что он умеет, но я не смотрел на последние версии.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Сб ноя 13, 2004 7:59 pm

Надо будет на досуге глянуть на Columbus.
В документации на последний оригинальный Гамесс (также как и на Гамесс Грановского) я ничего не нашел про связанные кластеры.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Пн ноя 15, 2004 9:59 am

Мысль за выходные пришла... А Вы там случайно Triples'ы не включили в расчет?
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн ноя 15, 2004 10:14 am

Не, я использовал именно CCSD.
Неприятная новость: CCSD/aug-cc-pVTZ не идет на моих мощностях в Gaussian03. Сегодня увидел что расчет завалился. По-видимому не хватает оперативной памяти (я дал примерно 1Гб).
Слишком много базисных функций.
Попробую сегодня поставить QCISD/aug-cc-pVTZ.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Пн ноя 15, 2004 10:26 am

Мать моя женщина, ну и отстой!
Да, с диффузными - это правильно. Но еще, просто интересно, было бы сравнить результаты
MP2/QCISD/CCSD в одном базисе. Причем не только геометрии, но и частоты.

Кстати, я прошу прощения, я немного ошибся,
CCSD с градиентами доступен в программе DALTON
http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html
В нем вообще много вкусностей, но он, к сожалению, страдает от отсутсвия других фич, присущих многим пакетам.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн ноя 15, 2004 8:59 pm

:))
Я не понял что является отстоем. :)

Про частоты - хорошая шутка. Гауссиан может посчитать частоты в MP2 но не в QCISD и CCSD. Кстати расчет частот в приближении MP2/aug-cc-pVTZ - это тоже страшная счетная задача. Так что о частотах в приближениях QCISD и CCSD, в случае принципиальной возможности, даже и речи быть не могло. :))

Дальтон я года три назад пытался взять, но оказалось что нужно обыкновенной почтой слать письмо им. Это мне показалось муторным и я забросил это дело. Если бы точно знать что он не такой критичный к компьютерным мощностям, то можно было бы повозиться с регистрацией.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Вт ноя 16, 2004 9:41 am

1. Я вчера погонял MP2 и CCSD в MOLPRO. Так вот, в кластерах НЕТ градиентной оптимизации геометрии. Поэтомы градиенты считаются численно, что СТРАШНО тормозит расчеты.
Поэтому, как я выяснил, CCSD не готов к реальным применениям. :) (с моей точки зрения)
И частот, понятно, чего нет: без градиентов численный расчет гессиана - страшная задача.
В мануале Дальтона, правда сказано, что аналитические градиенты в CCSD ЕСТЬ, то может что-то сделать.

А что касается диффузных функций, да, неплохо бы их было включить, но если размерность базиса становится слишком большой... :roll:
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Вт ноя 16, 2004 6:17 pm

Я попробовал поставить QCISD/aug-cc-pVTZ и происходит тоже самое что и с CCSD - не хватает ресурсов компьютера. Слишком много базисных функций.

Хочу попробовать поставить оптимизацию хлороформа в QCISD/aug-cc-pVTZ. Хоть симметрия пониже, но зато базисных функций меньше. Посмотрим что получится.

Engager
Сообщения: 87
Зарегистрирован: Вс янв 23, 2005 3:24 am
Контактная информация:

Сообщение Engager » Вс фев 13, 2005 5:39 pm

Для рассчета столь простых молекул можно с легкостюю использовать 6-311G++**. А в гамесе все есть, и кластеры тоже, но юзать я не пробовал. А для того чтобы рассчеты шли быстрее надо сначала провести рассчетсет в простом базисе, результат пересчитать в более тяжелом и так пока не поучишь желаемую точность рассчетов, кроме того стоит обратить внимание на выбор алгоритма минимизации Ньютон-Раффсон не всегда самый быстрый... В хелпе того же самого гамеса все это подробненько обсуждается, что касается качества рассчетов рекомендую глянуть материал тут http://www.muctr.edu.ru/~quant/quant/q_method.htm, там приведены результаты работы RHF,MP2,MP4,MCSCF,Cl и других методов а так же можно найти рекомендации по базисам.

Engager
Сообщения: 87
Зарегистрирован: Вс янв 23, 2005 3:24 am
Контактная информация:

Сообщение Engager » Чт мар 03, 2005 11:01 pm

Информацию про выбор оптимального базиса можно найти в материалах здеь http://www.muctr.edu.ru/~quant/quant/q_method.htm. Что касается Gaussian то он медленный, по моему PC Gamess намного продуктивние, уж по времени рассчета точно... Кстати никто не юзал программу NWCHEM говорят быстрая достаточно ?:)

Rt19
Сообщения: 217
Зарегистрирован: Вс апр 25, 2004 1:56 pm

Сообщение Rt19 » Вс мар 13, 2005 3:35 pm

2 Engager.

1) Ссылка не открывается
2) 6-311G**++ - базис, оптимизованный для МП2, и только. Его использование для расчета хлороформа даст слишком жесткие связи. МП2 считать системы с хлором - это не есть хорошо (если не сказать другого). И что с кластерами вы собрались делать в рамках GAMESS'a - просветите, а?
3) Итеративное приближение - это путь в лоб, и, простите, тупой. Так можно приближать до бесконечности.
4) NWChem вообще-то для других задач обычно применяется.


Вывод: советуй - зная (что-то я добрый нынче :lol: )

RedAndr
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Пн мар 14, 2005 6:58 am

Сообщение RedAndr » Пн мар 14, 2005 7:08 am

Nord: Я вчера погонял MP2 и CCSD в MOLPRO. Так вот, в кластерах НЕТ градиентной оптимизации геометрии. Поэтомы градиенты считаются численно, что СТРАШНО тормозит расчеты
В Gaussian есть аналитические градиенты для QCISD (в 98 ) и CCSD (в 03). В MOLPRO только для QCISD. В Dalton 2.0 появились градиенты аж для CCSD(T).
Rt19: Итеративное приближение - это путь в лоб, и, простите, тупой. Так можно приближать до бесконечности.
Ну почему так сразу тупой? Может человек CBS хочет получить? ;)

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Ср мар 23, 2005 8:29 pm

О, столько месяцев прошло, а тема еще жива. :)
Тем временем, выражаясь околокомпьютерно, Priroda рулит не по-детски. :)

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Вт мар 29, 2005 10:27 am

Давно хотел спросить: а куда она "рулит" и чем?
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Вт мар 29, 2005 10:52 am

Ну природа - это неимоверно быстрая прога. Можно оптимизоровать геометрии, переходные состояния (судя по отзывам людей - это в ней реализовано замечательно), считать частоты - силовые поля (может уже и кубическое поле сделали), термохимия само собой, ямр (вроде), + что-то еще.
Из теорий: HF, RI-MP2, DFT (BLYP, B3LYP, PBE ...), CI, CoupledClaster + U-аналоги + возможно что-то еще.
Знакомые люди пущают эту природу на кластере МГУ. Судя по бинарнику, она собрана GCC. В винде пущается соответственно через cygwin.

Ну вот.
Могу прислать имеющуюся документацию.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Вт мар 29, 2005 1:19 pm

Быстрая - это, конечно, хорошо... Только бы знать, по сравнению с чем.
Бенчмарки какие-нибудь?
А то в последнее время "серьезные" пакеты больше озабочены не скоростью, а масштабируемостью.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Вт мар 29, 2005 2:23 pm

Официальных бенчмарков не знаю в интернете. Я лично сравнивал природу с гауссианом на одних и тех же задачах при одних и тех же условиях (примерно). И природа шустрее оказалась. Собственно это не только мое мнение. Но скорость - это еще не все.

Некоторые куски из доки про масштабируемость:

---Cut---
The integrals over basis functions are written to disk on each node,
the various transformed integrals are formed and sorted in memory
and stored on disk. For large calculations more memory available
to the program reduces disk transfer and improves performance.
In the worst case memory requirements grow quadratically with the
system size and disk storage has a cubic scaling.
---Cut---
---Cut---
Our implementation is scalable in principle
up to Nproc = min (Nat, Nocc), where
Nproc is the number of processors,
Nat is the number of atoms and Nocc is the number of occupied correlated
orbitals. It is important that the Nocc were as close as possible
to a multiple of Nproc, for example if Nocc=14 then Nproc=2, 7 or 14
would be the best choice, Nproc=3 or 5 is acceptable, Nproc=6 is quite poor,
and Nproc=13 a very bad choice.

The storage of all three-index quantities is distributed.
On many parallel architectures with gigabytes of memory per node
one can use RAM-disks to avoid disk usage, particularly
if there is only one physical disk per two processors, which is
unfortunately a typical configuration of a computer cluster.
---Cut---
---Cut---
Coupled Cluster and Perturbation Theory

Our implementation of vatious correlated wavefunction methods
is intended for use on parallel platforms and is scalable
up to the number of processors equal to the number of correlated
electrons in beta subsystem.
---Cut---

Engager
Сообщения: 87
Зарегистрирован: Вс янв 23, 2005 3:24 am
Контактная информация:

Сообщение Engager » Вс апр 03, 2005 1:25 am

Sorry :( ссылка действительно не работает, по причине обновления сайта :) кидаю новую http://www.muctr.edu.ru/~quant/konspekt_atom.htm
там в материалах по квантовой химии молукулы можно найти сравнение результатов рассчетов различными методами и в разных базисах с экспериментом... Насчет Gamess вы не правы - есть версия Gamess для Win32 работает через Cygwin и называется WinGamess, она в отличие от версии Гарновского содержит все последние навовведения в комплекс, но работает чуть медленнее. В ней кластеры есть :) цитирую help:

CCTYP chooses a Coupled-Cluster (CC) calculation for the ground state
and, optionally, Equation of Motion Coupled-Cluster (EOMCC) computation
for excited states, both performed after SCF, available for SCFTYP=RHF.
See also the $CCINP and $EOMINP groups.

= LCCD perform a coupled-cluster calculation using the linearized coupled-cluster method with double excitations.

= CCD perform a CC calculation using the coupled-cluster method with double excitations.

= CCSD perform a CC calculation using the coupled-cluster method with single and double excitations.

= CCSD(T) in addition to the CCSD run, the non-iterative triples corrections are calculated to give the standard CCSD[T] and CCSD(T) energies.

= R-CC in addition to standard CCSD, CCSD[T], and CCSD(T) calculations, renormalized R-CCSD[T] and R-CCSD(T) calculations are performed. The cost of the renormalized calculations equals standard CCSD(T).

= CR-CC in addition to CCSD, CCSD[T], CCSD(T), R-CCSD[T], and R-CCSD(T) calculations, the completely renormalized CR-CCSD[T] and CR-CCSD(T) enegies are computed. The cost of CR-CCSD[T] and CR-CCSD(T)
calculations, in their noniterative triples corrections portion, is twice the standard [T] and (T) corrections.

= EOM-CCSD in addition to the CCSD run, excited states are calculated using the equation of motion coupled-cluster method with singles and doubles.

= CR-EOM in addition to the CCSD and EOMCCSD runs, the noniterative triples corrections to CCSD ground-state and EOMCCSD excited-state energies are calculated using the completely renormalized CR-EOMCCSD(T) approaches.

The cost of CR-EOMCCSD(T) calculations per single electronic state, in their
noniterative triples corrections part, is twice the cost of the standard (T)
corrections for the ground state.

The most reasonable choices are CCSD, CCSD(T), or CR-CC for
the ground state and EOM-CCSD or CR-EOM for excited states.

Input Description $CONTRL 2-8

Analytic gradients are not available, so use CCTYP only
for RUNTYP=ENERGY, TRUDGE, SURFACE, or maybe FFIELD.
Any publication describing the results of CC calculations
obtained using GAMESS should give reference to
P. Piecuch, S.A. Kucharski, K. Kowalski, and M. Musial,
Comput.Phys. Commun., 149, 71-96, 2002
Any publication describing the results of ground and/or
excited-state EOMCC or CR-EOMCCSD(T) calculations obtained
using GAMESS must reference the above paper as well as:
K. Kowalski and P. Piecuch,
J. Chem. Phys. 120, 1715-1738 (2004)
K. Kowalski, P. Piecuch, M. Wloch, S.A. Kucharski,
M. Musial, and M.W. Schmidt, in preparation.
For more information about the various Coupled Cluster
methods, see Section 4, 'Further Information'.

Так что все там есть :)

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн апр 04, 2005 8:39 am

Уважаемый Engager, не могли бы Вы привести мне ссылку на экспериментальную работу по изучению геометрии свободного азид-иона?

Вик
Сообщения: 40
Зарегистрирован: Чт апр 21, 2005 7:43 am
Контактная информация:

Сообщение Вик » Чт апр 21, 2005 8:01 am

Yu/2 писал(а):Ну природа - это неимоверно быстрая прога. Можно оптимизоровать геометрии, переходные состояния (судя по отзывам людей - это в ней реализовано замечательно), считать частоты - силовые поля (может уже и кубическое поле сделали), термохимия само собой, ямр (вроде), + что-то еще.
Из теорий: HF, RI-MP2, DFT (BLYP, B3LYP, PBE ...), CI, CoupledClaster + U-аналоги + возможно что-то еще.
Знакомые люди пущают эту природу на кластере МГУ. Судя по бинарнику, она собрана GCC. В винде пущается соответственно через cygwin.

Ну вот.
Могу прислать имеющуюся документацию.
Приветствую.
Был бы благодарен, если бы Вы выслали документацию на сие чудо - последний релиз / мой email в профайле указан/.
Судя по отзывам людей, которые ее пользуют - она очень хорошо считает хим.сдвиги.
DFT там не "чистый" - так-называемая Fit-Sheme / файл базисов гляньте - в конце дополнительные базисы/.
По поводу CI, CC - U аналоги / зачастую не кашерно в силу spin contamination/ Вот если бы RO - было бы замечательно....
Хотя для RO расчетов существуют другие пакеты, с наворотами R12.
Но в конечном счете задачи не ограничиваются открытыми оболочками-)
С уважением, Виктор.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость