Вопрос по квантовой химии
Вопрос по квантовой химии
Вот недавно заинтересовался этой областью , почитал кое-чего. Во всех найденных мной источниках обычно рассматриваются молекулы , а мне интересней больше системы с ненулевым суммарным зарядом , то бишь ионы. Положительные , отрицательные и многозарядные молекулярные ионы. Как с этим обстоит ? Нужны ли для них какие-то специальные методы ? В молекулах-то по большей части валентные связи , а тут зачастую только за счет поляризации все и держится. Какие из наиболее распространенных программ лучше подходят для моделирования ионов ?
Re: Вопрос по квантовой химии
Простите, ион - система с нулевым суммарным зарядом?Gakusei писал(а):...системы с ненулевым суммарным зарядом, то бишь ионы. Положительные, отрицательные и многозарядные молекулярные ионы.
-
- Сообщения: 9505
- Зарегистрирован: Вт дек 21, 2004 11:42 am
Как я понимаю, у квантовых химиков нет особого деления на ионные или ковалентные связи, в любом случае есть и то и другое. В принципе ионы вроде бы считают теми же методами и программами, что и нейтральные молекулы. Кстати, а что, противоинов нет? Проблемы начинаются в случае открытых систем, с нечетным числом электронов.
Gakusei, многозарядные анионы - вообще больной вопрос. Не буду лезть в дебри, коих не знаю как следует; пусть отцы квантовой химии расскажут.
Polychemist, неспаренные электроны могут запросто быть и при чётном их числе.
(А считать ион вместе с противоионом - значит просто считать молекулу, и что тут такого).
Polychemist, неспаренные электроны могут запросто быть и при чётном их числе.
(А считать ион вместе с противоионом - значит просто считать молекулу, и что тут такого).
В принципе рассчет ионов производят теми же методами что и рассчет молекул, но есть один важный момент - необходимо выбрать подходящий базис с включением диффузных и поляризационных функций например использовать (6-311**++). В общем результаты рассчетов удовлетворительны, мне например удавалось рассчитать геомертрию азидоводорода и азид-иона с точностью эксперимента, их термохимию - до 4 значащей цифры. Еще стоит обратить внимание на то что квантовохимические программы по умолчанию выдают термохимию при 0K ,без учета нулевых колебаний, в состоянии ультраразреженного газа в приближении гармонического осцелятора и жесткого ротатора. Но при желании рассчет можно вести для других температур и учесть ангармоничность колебаний. Для вычисления термохимии иона в растворе можно сначала рассчитать его стандартным образом, получив значения для газовой фазы, после чего произвести рассчет системы состояшего из этого иона и нескольких близлижайших молекул воды... Само собой что и молекулы воды и ион должны подаваться на рассчет в рассчитаном виде, и целью рассчета будет лишь минимизация энергии системы из минимизированного иона и молекул.... Но в целом рассчеты довольно длительны и сложны, тем не менее они возможны и дают неплохие результаты
Re: Вопрос по квантовой химии
Вы уверены в существовании многозарядных ионов (МЗИ) в кондесированных фазах Когда в электрохимии можно совсем обойтись без привлечения понятия ионов. Смотрите, например,Gakusei писал(а):Вот недавно заинтересовался этой областью , почитал кое-чего. Во всех найденных мной источниках обычно рассматриваются молекулы , а мне интересней больше системы с ненулевым суммарным зарядом , то бишь ионы. Положительные , отрицательные и многозарядные молекулярные ионы. Как с этим обстоит ? Нужны ли для них какие-то специальные методы ? В молекулах-то по большей части валентные связи , а тут зачастую только за счет поляризации все и держится. Какие из наиболее распространенных программ лучше подходят для моделирования ионов ?
Герц Г.Электрохимия. Новые воззрения. М.: Мир, 1983.
Где фундаментальные положения равновесной электрохимии выведены без использования понятия об ионах, соответственно, основные уравнения равновесной электрохимии даются без введения понятия заряда частиц, составляющих растворы.
Вопрос отцам/зубрам квантовой химии.
Какой базис наилучше всего подходит для расчетов ионов переходных металлов? И какой наиболее корректный метод учета растворителя в таких системах, т.е. с неспаренными электронами?
ЗЫ Никто не кинет ссылки на описание неэмпирических базисов и их слабые места. Пока ниаболее полное описание я видел в доках к GAMESS, но и там не густо
Какой базис наилучше всего подходит для расчетов ионов переходных металлов? И какой наиболее корректный метод учета растворителя в таких системах, т.е. с неспаренными электронами?
ЗЫ Никто не кинет ссылки на описание неэмпирических базисов и их слабые места. Пока ниаболее полное описание я видел в доках к GAMESS, но и там не густо
Watchers+f - атомный.L_Pt писал(а):Вопрос отцам/зубрам квантовой химии.
Какой базис наилучше всего подходит для расчетов ионов переходных металлов? И какой наиболее корректный метод учета растворителя в таких системах, т.е. с неспаренными электронами?
ЗЫ Никто не кинет ссылки на описание неэмпирических базисов и их слабые места. Пока ниаболее полное описание я видел в доках к GAMESS, но и там не густо
Если ECP - Штуттгартовские, некоторый Лос-Аламоса пользуют.
Брать отюсда
http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html
Не забывайте про спин-орбиту.
про растворители - мрак ....
С наилучшими пожеланиями.
еще базисы можно посмотреть тутВик писал(а):Watchers+f - атомный.L_Pt писал(а):Вопрос отцам/зубрам квантовой химии.
Какой базис наилучше всего подходит для расчетов ионов переходных металлов? И какой наиболее корректный метод учета растворителя в таких системах, т.е. с неспаренными электронами?
ЗЫ Никто не кинет ссылки на описание неэмпирических базисов и их слабые места. Пока ниаболее полное описание я видел в доках к GAMESS, но и там не густо
Если ECP - Штуттгартовские, некоторый Лос-Аламоса пользуют.
Брать отюсда
http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html
Не забывайте про спин-орбиту.
про растворители - мрак ....
С наилучшими пожеланиями.
ftp://ftp.chemie.uni-karlsruhe.de/pub/basen
Спасибо огромное, в частности, за сылки (правда фтп не работает).Вик писал(а): Watchers+f - атомный.
Если ECP - Штуттгартовские, некоторый Лос-Аламоса пользуют.
Брать отюсда
http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html
Не забывайте про спин-орбиту.
про растворители - мрак ....
Что про спин-орбиту? Не забывать указывать соответсвующий спин системы или еще что-то?
Возникла проблема при попытки освоить расчеты с помощью эффективных фрагментов. Все время выдает:
ERROR! EFFECTIVE FRAGMENT $H2OEF2 NUMBER 1 DOES NOT MATCH STANDARD ONE.
О как стандартах там может идти речь?
Последний раз редактировалось L_Pt Пт апр 29, 2005 12:43 pm, всего редактировалось 1 раз.
Приветстсвую.L_Pt писал(а):Спасибо огромное, в частности, за ссылки (правда фтп не работает).Вик писал(а): Watchers+f - атомный.
Если ECP - Штуттгартовские, некоторый Лос-Аламоса пользуют.
Брать отюсда
http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html
Не забывайте про спин-орбиту.
про растворители - мрак ....
Возникла проблема при попытки освоить расчеты с помощью эффективных фрагментов. Все время выдает:
ERROR! EFFECTIVE FRAGMENT $H2OEF2 NUMBER 1 DOES NOT MATCH STANDARD ONE.
О как стандартах там может идти речь?
Выбрали удачную модель -)
Инпут файл можно увидеть ?
Например:Вик писал(а): Инпут файл можно увидеть ?
$CONTRL UNITS=ANGS COORD=cart RUNTYP=optimize SCFTYP=UHF
ICHARG=3 MULT=4 maxit=500 $END
$SYSTEM MEMORY=5000000 TIMLIM=99999 $END
$GUESS GUESS= HUCKEL $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6
NDFUNC=3 NPFUNC=3 $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
$statpt nstep=900 $end
$DATA
C1
CHROMIUM 24.0 0.688636225 0.017904321 0.000024776
CARBON 6.0 -2.066372786 -1.260386028 -0.003712433
CARBON 6.0 -2.132283827 0.242761225 0.000822150
OXYGEN 8.0 -1.104688869 0.913812731 0.003325243
OXYGEN 8.0 -3.295638872 0.753963737 0.002678294
HYDROGEN 1.0 -2.595150749 -1.629942657 -0.874178132
HYDROGEN 1.0 -2.584198418 -1.633206666 0.871960620
NITROGEN 7.0 -0.640627450 -1.679787935 -0.012614264
HYDROGEN 1.0 -3.287643430 1.708272959 0.006475478
HYDROGEN 1.0 -0.478619111 -2.266871587 -0.816708231
HYDROGEN 1.0 -0.474113192 -2.284742609 0.777076160
$end
$efrag
coord=cart
fragname=H2Oef2
O1 0.729406148 0.043192022 -2.044330839
H2 0.326988885 0.688188532 -2.617720399
H3 1.418308253 -0.384914724 -2.553597257
fragname=H2Oef2
O1 0.724408521 0.015952467 2.044677352
H2 1.411278424 -0.420539834 2.549666889
H3 0.323088940 0.654932900 2.625525926
fragname=H2Oef2
O1 2.410931255 -1.059663775 -0.005278236
H2 3.290687048 -0.673522341 -0.001422219
H3 2.556984459 -2.006243100 -0.012258788
fragname=H2Oef2
O1 1.746184843 1.754464726 0.012893955
H2 2.141390412 2.179311378 -0.746605158
H3 2.141243895 2.168305235 0.778542476
$end
Стандарты - имеется в виду стандартная геометрия.
Метод эффективных фрагментов описывает жесткую недеформированную молекулу. Если открыть файл refs из стандартной поставки PC GAMESS можно увидеть строку:
Note that the H2OEF2 EFP uses the frozen geometry r(OH)=0.9438636, a(HOH)=106.70327.
Приведенные вами координаты для первой молекулы воды соответствуют расстояниям r(OH1)=0.9522, r(OH2)=0.9577, угол 106.65, поэтому программа естественно будет ругаться. Если интересно - пишите bost@mail.ru - у меня есть несколько собственных утилит, позволяющие задавать точную геометрию.
Метод эффективных фрагментов описывает жесткую недеформированную молекулу. Если открыть файл refs из стандартной поставки PC GAMESS можно увидеть строку:
Note that the H2OEF2 EFP uses the frozen geometry r(OH)=0.9438636, a(HOH)=106.70327.
Приведенные вами координаты для первой молекулы воды соответствуют расстояниям r(OH1)=0.9522, r(OH2)=0.9577, угол 106.65, поэтому программа естественно будет ругаться. Если интересно - пишите bost@mail.ru - у меня есть несколько собственных утилит, позволяющие задавать точную геометрию.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей