Priroda6 & Linux

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Sagittarium A*
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Пн фев 11, 2008 5:14 pm

Priroda6 & Linux

Сообщение Sagittarium A* » Пн фев 11, 2008 6:32 pm

Собственно сабж.
Как запустить расчеты на природе в линуксе?
Если можна поподробней... :oops:

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Пн фев 11, 2008 10:15 pm

...как всегда - p### < входной.файл | tee выходной.файл

:?:
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2033
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Сообщение amge » Вт фев 12, 2008 9:46 am

Darth Vasya писал(а):...как всегда - p### < входной.файл | tee выходной.файл
Если считать много и часто, то удобно использовать какую-нибудь batch system и ставить расчеты в очередь через qsub (у нас есть удобные запускалки для этого)

Sagittarium A*
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Пн фев 11, 2008 5:14 pm

Сообщение Sagittarium A* » Вт фев 12, 2008 3:55 pm

amge писал(а):
Darth Vasya писал(а):...как всегда - p### < входной.файл | tee выходной.файл
Если считать много и часто, то удобно использовать какую-нибудь batch system и ставить расчеты в очередь через qsub (у нас есть удобные запускалки для этого)

Спасибо за помощ, но надо еще попроще- :oops: туго у меня с линуксом.
Вот скачал я файл природы - например p6_32.txt (сырец?).
Что далее? надо ли компилировать, и как...
Плиз хелп

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2033
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Сообщение amge » Вт фев 12, 2008 4:45 pm

Sagittarium A* писал(а):Вот скачал я файл природы - например p6_32.txt (сырец?).
Что далее? надо ли компилировать, и как...
Плиз хелп
А почему у него расширение .txt ? Надо экзенник. Может это он и есть? Проверить можно командой file p6_32.txt. Если это действительно он, то переименуй и сделай исполняемым (компилировать не нужно)
mv p6_32.txt p6_32
chmod +x p6_32

Потом надо еще файл базиса, положить в простейшем случае в ту же директорию.

Затем запускать как сказал Darth Vasya

Sagittarium A*
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Пн фев 11, 2008 5:14 pm

Сообщение Sagittarium A* » Ср фев 13, 2008 11:33 am

amge писал(а):А почему у него расширение .txt ? Надо экзенник. Может это он и есть? Проверить можно командой file p6_32.txt. Если это действительно он, то переименуй и сделай исполняемым (компилировать не нужно)
mv p6_32.txt p6_32
chmod +x p6_32

Потом надо еще файл базиса, положить в простейшем случае в ту же директорию.

Затем запускать как сказал Darth Vasya
Спасибо за ответ.
И так не выходит, например при:

Код: Выделить всё

p6_32 <1.in | tee 1.out


Пишет дескать нету такой команды p6_32.
Хотя пустой оутпут создает...

Marxist

Сообщение Marxist » Ср фев 13, 2008 12:39 pm

Sagittarium A* писал(а):И так не выходит, например при:

Код: Выделить всё

p6_32 <1.in | tee 1.out


Пишет дескать нету такой команды p6_32.
Хотя пустой оутпут создает...
Естественно, что создаёт пустой аутпут -- его tee создаёт. А Вы добавили в PATH директорию, из которой запускаете? Если нет, то надо.

Код: Выделить всё

export PATH=$PATH:/path/to/priroda
или

Код: Выделить всё

./p6_32 <1.in | tee 1.out
если запускать из той же директории, где лежит исполнимый файл.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Ср фев 13, 2008 8:24 pm

Marxist писал(а):

Код: Выделить всё

./p6_32 <1.in | tee 1.out
если запускать из той же директории, где лежит исполнимый файл.
Мда... Кто сложнее придумает?

p6_32 /path/file.in /path/file.out
либо
p6_32 -np x /path/file.in /path/file.out

Запускать можно из какой угодно директории
(если во входном файле всё правильно задавать).

Без переменных окружения -
/path_to_priroda/p6_64 -np 4 /path_to_work/file.in /path_to_work/file.out

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость