GAMESS эффективность работы

[Rt19]

Если Вы хотите заниматься квантовохимическими расчетами серьезно, советую переходить на Gaussian.

Этот совет в принципе демонстрирует всю глубину познаний.
Совокупность особенностей исследуемого объекта или задачи определяет метод, которые, вкупе с доступной вычислительной техникой определяют необходимый инструмент. А так совет в варианте - хотите заниматься строительством - переходите на молоток.


А для первоначального обучения сгодится любой многофункциональный пакет, который есть в наличии. Если его нет - то выбор между GAMESS (US), PC-GAMESS (freeware); GAUSSIAN (750USD за сборку под Win 1CPU или 4500USD за Nix версию), или чем-то еще пользователь сделает сам.

P.S. Кстати, за эти деньги мы получаем качественную техподдержку:
http://www.gaussian.com/g_faq/faq.htm

[Yurii]

простите за оффтоп, Yu/2 а Вы запускали гамесс на именно на 4 ядрах ?
а то судя по всему у вас в системе должно быть не меньше 4-х процессоров (8 ядер) может все считалось на 8 ядрах или больше ?
таким образом утверждения 1 и 3 на мой взгляд выглядят как издевательство

PC GAMESS каждое ядро воспринимает как отдельный узел, т.е. если написано "RUNNING WITH 4 NODES" - значит на 4-х ядрах и считалось.

Yu/2 все перепутал: не тот базис и не та начальная геометрия.
Почему Yu/2 "напутал" с базисом, специалисту должно быть понятно.
А геометрию он взял из предыдущего расчета. Пришлось пересчитывать. Результат выложен в exchange. Время счета для rhf/6-311g* 6d - 5 ч. 2 мин.
По поводу железа, на котором я считал. Оно у меня такое хорошее, что при попытке счета RHF/6-311G* pc gamess'ом задача вылетела из-за нехватки дисковой памяти. И конечного пользователя не интересует, сколько длится один шаг. Его, в первую очередь, интересует полное время счета.

[Nik®]

PC GAMESS каждое ядро воспринимает как отдельный узел, т.е. если написано "RUNNING WITH 4 NODES" - значит на 4-х ядрах и считалось.

ок. я только спрашивал правда ли что в системе использовалась часть ресурсов потому как опти 8000-й серии покупают явно не для 2-х процессорных систем, для этого есть другая серия, которая значительно дешевле. особенно понравилось заявление типа ну у вас же железо лучше чем у меня (у меня то всего навсего вся комплектуха серверная ну че тама подумаешь диски сказевые или сасовские ну может там у меня рэйд 0, а может и дисковый массив на файбер ченнэл) а вот у Вас Yurii железо получше , у Вас и проц двуядерный да еще наверное в матери для десктопа работает и даже C2D

[Yurii]

Странно, я удивлен как это Yurii не схлопотал еще парочку предупреждений.

Закончился мой расчет: оптимизация C120, RHF/6-311G(d), симметрия D2h, программа - PC GAMESS. Лог залит в exchange.

Результат - семь шагов за 19 часов 18 минут. Т.е. один шаг делается примерно 2.76 часа.

Результат Yurii - пять шагов за 7 часов 43 минуты. Т.е. один шаг - 1.54 часа.

Какие выводы.
1. G03 на железе Yurii считает примерно в 1.8 раза быстрее, чем PC GAMESS на "моем" железе (Upd: + с моими настройками).
2. PC GAMESS в состоянии делать такие расчеты (кто-то кроме Yurii сомневался?)
3. Трудно сказать какая программа на самом деле быстрее, потому что железо и особенно процессор у Yurii лучше чем у меня.

См. мой ответ for alxyppv

[Nord]

ок. я только спрашивал правда ли что в системе использовалась часть ресурсов потому как опти 8000-й серии покупают явно не для 2-х процессорных систем, для этого есть другая серия, которая значительно дешевле. особенно понравилось заявление типа ну у вас же железо лучше чем у меня (у меня то всего навсего вся комплектуха серверная ну че тама подумаешь диски сказевые или сасовские ну может там у меня рэйд 0, а может и дисковый массив на файбер ченнэл) а вот у Вас Yurii железо получше , у Вас и проц двуядерный да еще наверное в матери для десктопа работает и даже C2D

Вы уж меня извините, но... "магическое слово scsi не является синонимом 'быстро'". Все Ваши поправки мало что дадут, тем более, что тормоза кластера в сравнении с smp всё равно съедят предполагаемое преимущество в дисковой подсистеме.
C2D 2.66 ГГц - эквивалентен по производительности ~3.3-3.2 ГГц атлону64. Разница уменьшается по мере увеличения числа вычислительных ядер в системе, поскольку процессоры intel используют шинную архитектуру, которая быстро становится "узким местом", однако "догнать" равночастотные C2D атлоны могут только при числе процессоров (smp) >4

[Yu/2]

Nik®, не хочу нудеть и загибать пальцы... этттто разз, эттто двааа и т.д. Просто скажу: ботайте архитектуры компьютерных систем. Я понимаю что это звучит как будто я типа все знаю а Вы нет. Нет, я это не хочу сказать, но... Вы меня поняли надеюсь. Кстати я сказал что у Yurii железо лучше потому что знаю это самое железо в подробностях (Yurii, привет Белякову. Лучше б он не видел что Вы тут пишете. ). Одим момент в вашем комментарии послостью поддерживаю: сравнивать на одном железе. Я это уже давно сделал. Для болшинства моих задач PC GAMESS на моем железе быстрее чем самый распоследний параллельный Gaussian.

Yurii, Вы меня забодали, я устал и пойду работать. Вот базис, который Вы предложили:

Я выложил в exchange расчет димера C120 (rhf/6-311g*), т.е. теперь размер базиса удвоился и равен теперь 2160. Время расчета - 7 ч. 42 мин. и 40 с.

Я использовал такой же. Видать Вы сравнили количества базисных функций и что-то не сошлось? Не переживайте, надо сравнивать количества функций в декартовых координатах.

Gaussian лучшая программа (в ваших руках), Вы же это хотели услышать?

Попову спасибо за дельный комментарий, я этот момент упустил из виду.

[Nord]

Кстати я бы обратил внимание коллег на rhf-энергию молекулы в первой точке. У меня она ниже, отличаясь в 6 знаке, что косвенно может свидетельствовать либо о более грубых критериях сходимости, либо действительно об использовании чего-нибудь типа fmm.
Кстати, я не совсем согласен с alxyppv: fmm здесь может дать существенный выигрыш, упрощая пересчет интегралов, включающих центры разных фрагментов C60

Upd:
Вот строчка из выходного файла gaussian

Код: Выделить всё

 NAtoms=  120 NActive=  120 NUniq=   17 SFac= 5.66D+00 NAtFMM=   60 Big=F

Обратите внимание на предпоследний параметр

[Yu/2]

P.S. Кстати, за эти деньги мы получаем качественную техподдержку:
http://www.gaussian.com/g_faq/faq.htm

А в чем заключается эта поддержка?

Забавный был случай когда мы считали Gaussian-ом на обыкновынных x86 PC, Windows, 2 Gb RAM. Как-то оно заваливалось при использовании то ли 16 GB, то ли 32 GB диска. Написали в поддержку, а они отвечают: "У нас нет такого железа, так что мы не можем воспроизвести ваши проблемы, так что "идите нафиг"". )

[Nord]

У меня есть предложение, Yu/2: поставьте ещё один расчёт (неплохо я распоряжаюсь не своими ресурсами ) в direct варианте на два ядра, с активированной поддержкой fmm. В этом случае результат можно смасшабировать на множитель [C2D/A64/(1.20-1.25)]^(-1) и получим эффективное время расчета на процессорах Интел

[Nik®]

ок. я только спрашивал правда ли что в системе использовалась часть ресурсов потому как опти 8000-й серии покупают явно не для 2-х процессорных систем, для этого есть другая серия, которая значительно дешевле. особенно понравилось заявление типа ну у вас же железо лучше чем у меня (у меня то всего навсего вся комплектуха серверная ну че тама подумаешь диски сказевые или сасовские ну может там у меня рэйд 0, а может и дисковый массив на файбер ченнэл) а вот у Вас Yurii железо получше , у Вас и проц двуядерный да еще наверное в матери для десктопа работает и даже C2D

Вы уж меня извините, но... "магическое слово scsi не является синонимом 'быстро'". Все Ваши поправки мало что дадут, тем более, что тормоза кластера в сравнении с smp всё равно съедят предполагаемое преимущество в дисковой подсистеме.
C2D 2.66 ГГц - эквивалентен по производительности ~3.3-3.2 ГГц атлону64. Разница уменьшается по мере увеличения числа вычислительных ядер в системе, поскольку процессоры intel используют шинную архитектуру, которая быстро становится "узким местом", однако "догнать" равночастотные C2D атлоны могут только при числе процессоров (smp) >4

быстро понятие растяжимое говорите лучше быстрее (то что они быстрее саташных я не сомневаюсь)

причем тут кластер,
Yu/2 запускал расчет как раз на одном узле ( smp машине) и причем тут QPB шина у интел и линки Hyper Transport от амд, если сравнивается десктоп с E6700 и сервер с 4 оптеронами ( два из них занимались расчетами)

Yu/2 не могли бы вы давать более развернутые ответы я не телепат
может я что то упустил из виду ? (у Yurii десктоп на C2D у Вас сервер на оптеронах)

[Yu/2]

У меня есть предложение, Yu/2: поставьте ещё один расчёт (неплохо я распоряжаюсь не своими ресурсами ) в direct варианте на два ядра, с активированной поддержкой fmm. В этом случае результат можно смасшабировать на множитель [C2D/A64/(1.20-1.25)]^(-1) и получим эффективное время расчета на процессорах Интел

Да-да, неплохо.
Я не знаю как включить FMM в PC GAMESS, разбираться пока некогда. Если б мне дали уже готовый инпут...

[Yu/2]

Yu/2 запускал расчет как раз на одном узле ( smp машине) и причем тут QPB шина у интел и линки Hyper Transport от амд, если сравнивается десктоп с E6700 и сервер с 4 оптеронами ( два из них занимались расчетами)

Yu/2 не могли бы вы давать более развернутые ответы я не телепат
может я что то упустил из виду ? (у Yurii десктоп на C2D у Вас сервер на оптеронах)

Вот я не совсем понимаю что такое "десктоп", а что такое "сервер" в ваших предложениях.

Если подходить примитивно, то скорость расчета с малым использованием диска в основном зависит от таких факторов: проц и шина проц-память. Причем для числодробилок в проце самое главное не частота, а характеристики кеша и набор инструкций (если софтина их умеет использовать). Пропускная способность шины тоже очень сильно влияет.

Процессор, сам по себе уже задает необходимые требования для всей обвязки. Итого, если мы говорим о C2D, то не может быть такого что проц очень хороший (так и есть), а память (и соответствующая шина, ибо они жестко связаны) медленная.

Короче, это все теория, которая на самом деле мало что значит. Здесь главное практика. А практика моих коллег говорит что системы на базе C2D быстрее чем оптероны, на которых я считал.

Свои сравнения PC GAMESS и Gaussian я делал например на задачах оптимизации геометрии методами DFT и MP2. На моем железе PC GAMESS быстрее.

Но! Было бы несправедливо сказать что Gaussian хуже. Этого я пока не говорил. Так может сказать здесь только Yurii. Мне, например, нравится что Gaussian умеет аналитически считать гессианы в DFT и MP2. Еще я им считаю кубические поля и иногда VMP2. Наверняка есть еще преимущества. Т.е., как видите, никаких религиозных войн с моей стороны.

[alxyppv]

Я не знаю как включить FMM в PC GAMESS, разбираться пока некогда. Если б мне дали уже готовый инпут...

Там много опций... Если есть желание, то для начала можно попробовать

$INTGRL QFMM=.T. SCHWRZ=.TRUE. $END
$SCF DIRSCF=.T. $END

а остальное взять default. Но мне все же кажется что не будет большого выигрыша, ибо:

There is no or little use of the molecular symmetry during QFMM runs.
Thus, direct SCF with fastints code can be faster than QFMM even for very
large symmetrical systems (like fullerenes, etc...)

http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/qfmm.html

ну и на всякий случай, оттуда же:

There is a new exetyp=qfmm in the $contrl group which is used to get the
timing statistics of the various QFMM stages during SCF.

Честно скажу, что сам практически не пробовал - один раз считал энергию для несимметричного производного С60 с небольшим хвостом, и особой разницы не было - но все же это была слишком компактная система, для димера м.б. иначе (хотя и симметрия тоже много стоит)

[Yu/2]

Там много опций... Если есть желание, то для начала можно попробовать

$INTGRL QFMM=.T. SCHWRZ=.TRUE. $END
$SCF DIRSCF=.T. $END

Ок, спасибо, зарядил. Посмотрим что будет.

[Yurii]

[...может я что то упустил из виду ?...

Думаю, что объективной информации Вы от Yu/2 не добъетесь.
Что мы пока имеем.
Факт первый.
Yu/2 сделал расчет не в том базисе. У меня был rhf/6-311g*, а он сделал расчет в rhf/6-311g* 6d (Как Вы думаете, почему? Ведь и после моего замечания он по-прежнему утверждает, что использовался мой базис. Я то знаю, почему). Да и начальная геометрия другая, но это мелочь.
Пришлось пересчитать C120 с его базисом и с его начальной геометрией.
Теперь в exchange у меня выложено 2 расчета.
Факт второй.
Теперь можно сравнивать результаты расчета.
У меня это заняло 5 часов. Но пока время трогать не будем. Я поставлю Федору x64 и pc gamess, тот, что стоит у Yu/2, а потом будем говорить о времени. Это будет совсем скоро. Тогда и коснемся времени. Сейчас сравним скорость сходимости.
У Yu/2 это заняло 7 итераций.
У меня это заняло 3 итерации.
Пока это вся информация, но весьма красноречивая.
Поставлю Федору и кроме уже затронутых вопросов коснусь важной темы растворителя. В pc gamess это вообще темный лес.

[Nord]

2 Yu/2 не забудьте включить опцию d5=.t. в $contrl, а то Юрий Вас обвиняет в сознательной подтасовке результов (хотя реально Вы утяжелили расчёт, а не упростили его, но ему, видимо, это невдомёк ).

[Yu/2]

2 Yu/2 не забудьте включить опцию d5=.t. в $contrl, а то Юрий Вас обвиняет в сознательной подтасовке результов (хотя реально Вы утяжелили расчёт, а не упростили его, но ему, видимо, это невдомёк ).

Она у меня почти всегда включена. Была включена и в этих тестовых расчетах.

А Yurii, ну это просто песня... Хотя может и грех смеяться в такой ситуации..

[Yurii]

2 Yu/2 не забудьте включить опцию d5=.t. в $contrl, а то Юрий Вас обвиняет в сознательной подтасовке результов (хотя реально Вы утяжелили расчёт, а не упростили его, но ему, видимо, это невдомёк ).

Пока я в трезвом уме и твердой памяти и чем 5d отличается от 6d - хорошо понимаю, чего не скажешь о Yu/2. Но подтасовками не занимаюсь. Я не посмотрел на d5=.t., а посмотрел на TOTAL NUMBER OF BASIS FUNCTIONS = 2280. В условиях минимального вывода это и принял за настоящий размер базиса. Хотя, по большому счету-это дезинформация, говорящая о том, что недоумки писали это. Пересчитаю в третий раз, хотя это должен сделать Yu/2 для 6d, т.к. задал не ту геометрию. Но уж эту задачу точно будет сутки считать, а у меня это займет несколько часов.

[Nik®]

Вот я не совсем понимаю что такое "десктоп", а что такое "сервер" в ваших предложениях.

Если подходить примитивно, то скорость расчета с малым использованием диска в основном зависит от таких факторов: проц и шина проц-память. Причем для числодробилок в проце самое главное не частота, а характеристики кеша и набор инструкций (если софтина их умеет использовать). Пропускная способность шины тоже очень сильно влияет.

Процессор, сам по себе уже задает необходимые требования для всей обвязки. Итого, если мы говорим о C2D, то не может быть такого что проц очень хороший (так и есть), а память (и соответствующая шина, ибо они жестко связаны) медленная.

Короче, это все теория, которая на самом деле мало что значит. Здесь главное практика. А практика моих коллег говорит что системы на базе C2D быстрее чем оптероны, на которых я считал.

Свои сравнения PC GAMESS и Gaussian я делал например на задачах оптимизации геометрии методами DFT и MP2. На моем железе PC GAMESS быстрее.

Но! Было бы несправедливо сказать что Gaussian хуже. Этого я пока не говорил. Так может сказать здесь только Yurii. Мне, например, нравится что Gaussian умеет аналитически считать гессианы в DFT и MP2. Еще я им считаю кубические поля и иногда VMP2. Наверняка есть еще преимущества. Т.е., как видите, никаких религиозных войн с моей стороны.

последний пост на эту нехимическую тему
комплектующие делят на сегменты
1) для настольных ПК (desktop)
2) для рабочих станций (workstation)
3) для серверов (server)

хорошо (если забыть про диск) на A64 данные гоняются по пути:
проц - икп - память
на Intel :
проц - северный мост( кп) - память
так что у A64 с доступом к памяти будет даже получше чем у intel
плюс у A64 шина hyper transport обладает не слабой пропускной способностью (откуда и прекрасная масштабируемость в многопроцессорных системах) это опять плюс А64.
процессор безусловно определяет чипсет с которым он будет работать
и у Вас чипсет серверный
а у Yurii десктопный (E 6700 не запихнуть в серверную маму, сокеты не те)
таким образом ясно, что на Вашем компьютере все будет быстрее ( если пока допустить что производительность прцессоров одинакова)

то что у Вас накопители быстрее выполняют операции ввода/вывода вобщем то каждому понятно (не привлекаем всякие NCQ и TCQ ибо здесь мало актуально), к тому же у Вас есть полноценный
рэйд контроллер (де факто для серверных чипсетов) и это не та попса
что на десктопах, и не удивительно если на каждом узле у Вас реализованны рэйд массивы (вы кстати так и не сказали есть ли они у вас)

что я хотел сказать еще самым первым постом (с которого все началось)
хотя у Yurii процессор и лучше, но все же Ваша система, за исключением процессора, значительно лучше чем у Yurii которая безусловно скомпенсирует определенный разрыв в производительности,
ну и оптероны не настолько плохи, чтобы на равных соревноваться с C2D
их должно быть в два раза больше

и последнее: Yu/2 я не ставил целью вступать в "религиозную войну" с Вами и очень рад что Вы имеете такое же мнение, просто хотел
отметить, на мой взгляд, некоторую "несправедливость" сравнения, вот и все

[Yurii]

последний пост на эту нехимическую тему
комплектующие делят на сегменты
1) для настольных ПК (desktop)
2) для рабочих станций (workstation)
3) для серверов (server)

хорошо (если забыть про диск) на A64 данные гоняются по пути:
проц - икп - память
на Intel :
проц - северный мост( кп) - память
так что у A64 с доступом к памяти будет даже получше чем у intel
плюс у A64 шина hyper transport обладает не слабой пропускной способностью (откуда и прекрасная масштабируемость в многопроцессорных системах) это опять плюс А64.
процессор безусловно определяет чипсет с которым он будет работать
и у Вас чипсет серверный
а у Yurii десктопный (E 6700 не запихнуть в серверную маму, сокеты не те)
таким образом ясно, что на Вашем компьютере все будет быстрее ( если пока допустить что производительность прцессоров одинакова)

то что у Вас накопители быстрее выполняют операции ввода/вывода вобщем то каждому понятно (не привлекаем всякие NCQ и TCQ ибо здесь мало актуально), к тому же у Вас есть полноценный
рэйд контроллер (де факто для серверных чипсетов) и это не та попса
что на десктопах, и не удивительно если на каждом узле у Вас реализованны рэйд массивы (вы кстати так и не сказали есть ли они у вас)

что я хотел сказать еще самым первым постом (с которого все началось)
хотя у Yurii процессор и лучше, но все же Ваша система, за исключением процессора, значительно лучше чем у Yurii которая безусловно скомпенсирует определенный разрыв в производительности,
ну и оптероны не настолько плохи, чтобы на равных соревноваться с C2D
их должно быть в два раза больше

По результатам расчетов Yu/2 невооруженным глазом видно, что скорость внешних носителей не менее, чем на порядок выше, чем у меня. Думаю, что значительно больше. Поэтому результаты сравнения для него неутешительны. А на десктопе и подавно отставание pc gamess'а будет подавляющим (на относительно больших задачах из-за медленной скорости внешних носителей). Только что в exchange залил расчет C120 rhf/6-311G* с начальной геометрией как у Yu/2. Время счета 4 ч. 48 мин. И это на десктопе!!! Всего 3 итерации против 7 у Yu/2. Трогательно читать советы для Yu/2, как меня обогнать. Ребята! 3 против 7!!! Вы о чем??? И это общая беда pc gamess - медленная сходимость. Вскоре коснусь актуальной темы - учет растворителя. Здесь дела у pc gamess вообще плачевные, что и продемонстрирую. Здесь Yu/2 будет пудрить мозги очень тяжело - боюсь, что эта задача ему будет не под силу.