Природа
Re: Природа
С Природой не работаю, но из общекомпьютерных соображений строчка выглядит как сигнал о какой-то ошибке при записи во временный файл.
Варианты:
1) поиграться с параметром disk? (ничего конкретного посоветовать не могу, потому что не знаю, в контексте Природы "disk=40" - это мало или много?)
2) кончилось отведенное вам дисковое место на кластере? (связаться с админом/проверить настройки, если вы сам админ )
Варианты:
1) поиграться с параметром disk? (ничего конкретного посоветовать не могу, потому что не знаю, в контексте Природы "disk=40" - это мало или много?)
2) кончилось отведенное вам дисковое место на кластере? (связаться с админом/проверить настройки, если вы сам админ )
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Природа
Вы не указали место для размещения временных файлов (path=), а по умолчанию они создаются на /tmp. Это, скорее всего, на мастер-ноде. Могу сказать, что у меня такое тоже бы не посчиталось, т.к. у нас дисковая память мастер-ноды жестко квотирована, и квота у меня всегда почти выбрана. Для больших временных файлов предназначен специальный быстрый дисковый массив, смонтированный у нас на /mnt/scratch, на других кластерах м.б. по другому.
Если на ноде достаточно оперативки, то можно временные файлы размещать в ней. При этом и считать будет немного быстрее. Например, memory=9000 disk=-14000 для 24 Гб оперативки (для вашей задачки 24 Гб должно хватить). Больше одной ноды использовать не нужно, у природы почему-то плохо с параллелизацией за пределы ноды.
Если на ноде достаточно оперативки, то можно временные файлы размещать в ней. При этом и считать будет немного быстрее. Например, memory=9000 disk=-14000 для 24 Гб оперативки (для вашей задачки 24 Гб должно хватить). Больше одной ноды использовать не нужно, у природы почему-то плохо с параллелизацией за пределы ноды.
-
- Сообщения: 5
- Зарегистрирован: Ср апр 04, 2018 1:13 am
Re: Природа
Большое спасибо за ответы!
Кстати, с памятью больше, чем memory=9250 disk=-9250, всегда выскакивает такая ошибка:
где "цифры" в скобках показывают память disk в байтах. Раз уж зашла речь про это, Вы знаете, что за ошибка такая malloc failed?
Ну и насчёт параллелизации... Системы до (примерно) 105 атомов Природа считает всё уверенно (оптимизация, диполь, гессиан). Я предполагаю, что мои ошибки связаны не с этим.
Скорее всего, 40 ГБ может и не хватить, я ставил так и на обычном ПК - природа написала "We need 1.5 GB of memory...". Не знаю, с чем это связано. Сейчас, к сожалению, на ПК не могу выделить больше. Но попрошу побольше места на кластере, спасибо за совет!
С этим проблем нет, если path не указано, то временные файлы создаются в той же директории, где лежит *.in файл. К слову, я попробовал и с папкой tmp - всё равно та же ошибка записи файла.
Кстати, с памятью больше, чем memory=9250 disk=-9250, всегда выскакивает такая ошибка:
Код: Выделить всё
0: malloc( цифры ) failed
Ну и насчёт параллелизации... Системы до (примерно) 105 атомов Природа считает всё уверенно (оптимизация, диполь, гессиан). Я предполагаю, что мои ошибки связаны не с этим.
Re: Природа
Вероятно с тем, что ей надо 1.5 Гб памяти, а 40 Гб диска на их наличие не влияют.KuznetsovSM писал(а): ↑Пт ноя 06, 2020 2:41 amСкорее всего, 40 ГБ может и не хватить, я ставил так и на обычном ПК - природа написала "We need 1.5 GB of memory...". Не знаю, с чем это связано.
По какой-то причине не удается зарезервировать указанный объем памяти. malloc - это функция такая, если интересуют подробности о ней, гугл их знает.KuznetsovSM писал(а): ↑Пт ноя 06, 2020 2:41 amРаз уж зашла речь про это, Вы знаете, что за ошибка такая malloc failed?
Последний раз редактировалось Ahha Сб ноя 07, 2020 5:30 am, всего редактировалось 4 раза.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Природа
Действительно, так, но только если $TMPDIR не задана. И судя по имени /tmp/tmp9633.11 из вашего первого поста, она была задана. Но в любом случае, ни /tmp, ни текущая директория - не подходящие места на кластере для больших временных файлов. На кластере, на котором я считаю, задачка с таким инпутом тоже вылетела бы.KuznetsovSM писал(а): ↑Пт ноя 06, 2020 2:41 amесли path не указано, то временные файлы создаются в той же директории, где лежит *.in файл.
Если хотите, кидайте координаты - попробую запустить себя, и в случае удачи будет точно известно, сколько памяти и диска требуется.
Re: Природа
Стоп, с последним предложением я погорячился, т.к. ни у меня, ни на сайте Лайкова нет базиса 4z.
Re: Природа
И кстати да, вы уверены, что disk=40 означает именно 40 Гигабайт? Что-то, исходя из того, что писал вам выше amge, мне сдается, что это всё же 40 Мегабайт:
Я предупреждал изначально, что с Природой дела не имею, поэтому не в курсе и могу быть неправ. Просто обратите внимание на этот момент.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Природа
https://monitor.hpc.umanitoba.ca/doc/Pr ... NCWiki.pdfdisk=%d positive: disk space in gigabytes
negative: amount of memory in megabytes to use as disk emulation
Для CH-молекулы 4z-bas опубликован в https://www.mdpi.com/2073-4360/12/9/2153/s1 (осторожно ссылка на скачивание pdf).
Запись меня если честно смущает плюс при копировании минусы убиваются в какие то левые символы, поэтому сюда постить небуду.
Re: Природа
Интересно. Именно этот мануал у меня почему-то не нагуглился, хотя я вроде по-разному пробовал. Нелогично как-то один и тот же параметр в одной и той же программе измерять в разных попугаях, ну да ладно. Возможно, на то есть причины.
Гесс'у отдельное спасибо за то, что, благодаря ему, я заметил, что накосоручил настолько, что радикально покорёжился мой пост от 6 ноября.
Гесс'у отдельное спасибо за то, что, благодаря ему, я заметил, что накосоручил настолько, что радикально покорёжился мой пост от 6 ноября.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Природа
Гесс, спасибо за ссылку на 4z и за предупреждение о неправильных минусах (у меня то при копировании минусы выглядят правильно - сейчас бы сидел и думал, почему не работает ).
Сделал себе 4z, проверил - вроде работает. Так что предложение "посчитать" вновь в силе.
Кстати, проверял OLYP/4z на С17Н36 (у этой молекулы из-за дисперсионных взаимодействий наиболее стабильная конформация не линейная, а П-образная). Заодно убедился, что у OLYP, как и у B3LYP без D3, хуже с дисперсией, чем у PBE - ножки буквы П еще более не параллельны.
Сделал себе 4z, проверил - вроде работает. Так что предложение "посчитать" вновь в силе.
Кстати, проверял OLYP/4z на С17Н36 (у этой молекулы из-за дисперсионных взаимодействий наиболее стабильная конформация не линейная, а П-образная). Заодно убедился, что у OLYP, как и у B3LYP без D3, хуже с дисперсией, чем у PBE - ножки буквы П еще более не параллельны.
Re: Природа
memory=9000 disk=-14000
Некоторая логика м.б. в том, что то и другое - оперативная память, размер которой нельзя превышать. Сложить Мб+Мб проще, чем Мб+Гб. Других резонов я не вижу. С другой стороны, не факт, что такое "облегчение" стоит того, чтобы помнить о еще одном исключении.
Re: Природа
Столкнулась с проблемой. На дворе 2021 год, и инструкция от 2018 годе перестала работать. Операционка Win10-64.Любитель_Манниха писал(а): ↑Пн ноя 12, 2018 5:13 pmВо-первых, нужна версия Природы, которая это поддерживает.
Во-вторых, идёте качаете цыгвин:
https://cygwin.com/setup-x86_64.exe
и в установщике выбираете (там есть поиск сверху) пакет openmpi (ставите галочку), установку дефолтных пакетов не отменяете.
Цыгвин ставится. Далее цитирую EvgeniX, только из-за того, что версия openmpi будет постарше, там нет файлов cygopen-pal-13.dll cygopen-rte-12.dll а есть ...pal40 и rte-40, берёте их.
Примечание. Если у вас комп подключён через WiFi, при этом в списке устройств есть LAN-адаптер - отключите его.Для запуска параллельной 64-разрядной версии нужно скачать 64-разрядную CygWin, установить базовую поставку, плюс библиотеку OpenMPI, оттуда перекачать следующие модули (больше CygWin будет не нужен):
1) cygwin1.dll
2) cyggcc_s-seh-1.dll
3) cygmpi-12.dll
4) cygopen-pal-13.dll
5) cygopen-rte-12.dll
6) orterun.exe
cygwin1.dll нужно брать именно из поставки CygWin, т.к. версии остальных DLL работают только с ней.
Чтобы не запускать из-под терминала CygWin, нужно на директорию выше, из которой запускается ПРИРОДА создать директорию dev, а внутри поддиректории shm и mqueue. (Когда библиотеки CygWin не находят установленное окружение, они считают, что корень окружения / находится на директорию выше, чем то место, откуда происходит запуск.) Если программа лежит в системных директориях, вроде C:\Program Files, то запуск нужно вести от администратора.
Сам запуск ведётся командой вида:
orterun.exe -np 2 p.exe "C:\Work\file.in" "C:\Work\file.out"
Иначе тупой Openmpi будет вываливаться с ошибкой
"tcp_peer_send_blocking: send() to socket 12 failed: Transport endpoint is not connected (128)"
Запускаю под cygwin64 терминалом, но выдает следующую ошибку:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс
-
- Сообщения: 21
- Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm
Re: Природа
Здравствуйте, уважаемые форумчане,
подскажите, пожалуйста, в каких единицах рассчитывает Природа значение энергии?
подскажите, пожалуйста, в каких единицах рассчитывает Природа значение энергии?
Re: Природа
В атомных единицах, они же хартри. 1 хартри = 627.51 ккал/моль
-
- Сообщения: 21
- Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm
Re: Природа
Спасибо, amge!
Скажите, пожалуйста, с помощью Gaussian 09 можно рассчитать свободную энергию Гиббса, используя команду Freq.
Хотел попробовать рассчитать энергию свободную энергию Гиббса компонентов системы и далее энергию комплексообразования с помощью программы Природа. Подскажите, пожалуйста, правильно ли я понимаю, чтобы посчитать с помощью программы Природа свободную энергию Гиббса нужно сначала задать task=oprimize, а после достижения сходимости рассчитать task=hessian - тогда программа Природа выдаст
в выходном файле свободную энергию Гиббса для рассмотренной системы?
Скажите, пожалуйста, с помощью Gaussian 09 можно рассчитать свободную энергию Гиббса, используя команду Freq.
Хотел попробовать рассчитать энергию свободную энергию Гиббса компонентов системы и далее энергию комплексообразования с помощью программы Природа. Подскажите, пожалуйста, правильно ли я понимаю, чтобы посчитать с помощью программы Природа свободную энергию Гиббса нужно сначала задать task=oprimize, а после достижения сходимости рассчитать task=hessian - тогда программа Природа выдаст
в выходном файле свободную энергию Гиббса для рассмотренной системы?
Re: Природа
Не совсем так. В таблице с термодинамическими величинами, в числе которых и G, будут поправки к электронно-ядерной энергии (уже с учетом ZPE). Т.е. для выдачиYellow21chem писал(а): ↑Ср дек 08, 2021 8:52 pmПодскажите, пожалуйста, правильно ли я понимаю, чтобы посчитать с помощью программы Природа свободную энергию Гиббса нужно сначала задать task=oprimize, а после достижения сходимости рассчитать task=hessian - тогда программа Природа выдаст в выходном файле свободную энергию Гиббса для рассмотренной системы?
Код: Выделить всё
E = -196.328936 E0 = -196.191669
ZPVE = 0.137267 a.u. = 86.1366 kcal/mol
----------------------------------------------------------------------
T = 298.000 K ln(Q) S U H G
cal/mol*K kcal/mol kcal/mol kcal/mol
----------------------------------------------------------------------
translational 16.9514 38.6542 0.8883 1.4805 -10.0385
rotational 11.1465 25.1313 0.8883 0.8883 -6.6008
vibrational 0.6842 4.7490 87.1466 87.1466 85.7314
total 28.7821 68.5345 88.9232 89.5154 69.0921
----------------------------------------------------------------------
-
- Сообщения: 21
- Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm
Re: Природа
Спасибо!
Раньше онлайн был доступен ресурс с документацией для программы Природа на сайт http://wt.knc.ru/ под названием Природа_для_самых_маленьких) Но когда последний раз хотел туда зайти, сайт был недоступен. Подскажите, пожалуйста, где можно найти онлайн документацию по программе Природа?
Раньше онлайн был доступен ресурс с документацией для программы Природа на сайт http://wt.knc.ru/ под названием Природа_для_самых_маленьких) Но когда последний раз хотел туда зайти, сайт был недоступен. Подскажите, пожалуйста, где можно найти онлайн документацию по программе Природа?
Re: Природа
task=optimize+hessianYellow21chem писал(а): ↑Ср дек 08, 2021 8:52 pmсначала задать task=oprimize, а после достижения сходимости рассчитать task=hessian
и не надо два раза запускать.
-
- Сообщения: 21
- Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm
Re: Природа
Спасибо!
Скажите, пожалуйста, как Вы думаете можно ли с помощью программы Природа DFT-методами оптимизировать структуру кристаллической ячейки полимера, состоящей из ~ 2,5 тыс. атомов.
У Дмитрия Николаевича есть упрощенный подход qm_n3 https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.3646498, с помощью которого можно достаточно быстро оптимизировать системы из несколько сот атомов.
Не подскажите, никто из форумчан не пытался использовать подход qm_n3 для оптимизации ячеек большого размера?
Как Вы считаете, будет ли достигнута сходимость для систем с таким числом атомов?
Скажите, пожалуйста, как Вы думаете можно ли с помощью программы Природа DFT-методами оптимизировать структуру кристаллической ячейки полимера, состоящей из ~ 2,5 тыс. атомов.
У Дмитрия Николаевича есть упрощенный подход qm_n3 https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.3646498, с помощью которого можно достаточно быстро оптимизировать системы из несколько сот атомов.
Не подскажите, никто из форумчан не пытался использовать подход qm_n3 для оптимизации ячеек большого размера?
Как Вы считаете, будет ли достигнута сходимость для систем с таким числом атомов?
Re: Природа
Да, насколько я помню qm природы - там есть шанс свести 2500 атомов. Качество энергий которые мы им получали для малых систем было выше чем у большинства классической полуэмпирики и примерно на уровне обоих традиционных тайтбайндингов: dftb+ и gfn-xtb2
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя