Какую квантовую программу покупать?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Polychemist
Сообщения: 9505
Зарегистрирован: Вт дек 21, 2004 11:42 am

Какую квантовую программу покупать?

Сообщение Polychemist » Чт май 24, 2007 2:52 am

Есть желание и возможность купить чего-то для квантов. Посоветуйте, плиззз, что оптимальнее.
Задачи: довольно большие системы, пептиды аминокислот на 5-10-20, куски синтетических полимеров, атомы: С. Н, N, S, Si, Zn, Cu и что еще в голову начальству взбредет...
Сейчас для своего удовольствия гоняем HyperChem (полуэмпирику), в принципе удовлетворяет, но цена... Также желательно, чтобы был вариант под UNIX (есть многопроцессорный монстрик).

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Чт май 24, 2007 6:09 am

Платные варианты:
1.Gaussian 03 под Linux
2.MolPro

Но сейчас есть много вариантов бесплатных программ, мало уступающих коммерческим:
1. GAMESS
2. Priroda

По скорости расчёта все хвалят MolPro. Gaussian хорош тем, что позволяет автоматизировать множество "ручных" задач.

PS: Какой-нибудь GAMESS вышу полуэмпирику в 100 раз быстрее посчитает, чем HyperChem. Уж лучше тогда визуализатор ChemCraft (www.chemcraftprog.com) купить.

Polychemist
Сообщения: 9505
Зарегистрирован: Вт дек 21, 2004 11:42 am

Сообщение Polychemist » Чт май 24, 2007 8:34 am

Спасибо! А вот насчет Prirod-ы - а где взять? Есть ли официальный сайт? Гугль как-то не шибко помог...

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Чт май 24, 2007 8:44 am

Polychemist писал(а):Спасибо! А вот насчет Prirod-ы - а где взять? Есть ли официальный сайт? Гугль как-то не шибко помог...
Найдите какую-нибудь последнюю статью автора программы - Лайкова Д.Н (Laikov D.N.), там есть его e-mail. Раздачей программ занимается он лично, пока программа в стадии тестирования и открытый доступ к ней не разрешается.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Чт май 24, 2007 2:04 pm

Наверное, Гауссиан и МолПро плохо подойдут для таких дел. Мне кажется, стоит обратить внимание на:

NWChem - мощная программа, разработанная специально для больших параллельных кластеров, умеет делать QM/MM
CPMD или CP2k - "стандарты" для ab initio молекулярной динамики, тоже поддерживают QM/MM
SIESTA или OpenMX или Conquest (выходит в сентябре) - программы, специально разработанные для расчётов _больших_ систем (тысячи атомов); последние две скорее для материаловедения и нанотехнологий, но биологические задачи тоже решают. Разработчики SIESTA обещают в будущем и QM/MM, но пока - нет.

Все программы бесплатные, но впечатления от тех, что пробовал, в миллионы раз лучше, чем от Гауссиана.

МолПро хорошо тем, что умеет делать локальное MP2, но оно Вам надо?

Вообще, лучше всего посмотреть по публикациям, кто чем пользуется.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Чт май 24, 2007 2:06 pm

П.С. Фанатам Природы: а что умеют делать последние версии? У меня, стыдно сказать, 1.11...

Cherep
Сообщения: 23325
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Чт май 24, 2007 9:17 pm

По "природе" было несколько отдельных тем :wink:

Cherep
Сообщения: 23325
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Чт май 24, 2007 9:18 pm

Polychemist писал(а):Спасибо! А вот насчет Prirod-ы - а где взять? Есть ли официальный сайт? Гугль как-то не шибко помог...
Совсем недавно ктото уже спрашивал, не знаю, нашли они его или нет.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Чт май 24, 2007 9:46 pm

Cherep писал(а):По "природе" было несколько отдельных тем :wink:
Да, а эта тема посвящена выбору программ, "Природа" здесь упоминалась, и для удачного выбора неплохо было бы знать, что она сейчас умеет.

В отдельных темах я ответа на этот вопрос не увидел - плохо смотрел?

Ну и напишем сразу, где что взять:

CP2k, OpenMX, Conquest - скачать с оф.сайтов
CPMD - оставить заявку на оф.сайте
NWChem и SIESTA - отправить заявку по почте
Priroda - отправить e-mail автору
Gaussian и MolPro - купить на оф.сайтах

Cherep
Сообщения: 23325
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Чт май 24, 2007 10:04 pm

Резон в том есть, но тогда любители остальных программ начнут обсуждать достоинства и недостатки своего софта. И будет такая каша.

Может по одной теме на одну программу? Вон чуть ниже вопрос про "базисы в природе" есть, так может там и спросите. :wink:

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Чт май 24, 2007 11:20 pm

Имхо, как раз получится не каша, а информативное сравнение. Удобнее, чем по теме на программу. Имхо.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Пт май 25, 2007 8:59 am

Darth Vasya писал(а):Имхо, как раз получится не каша, а информативное сравнение. Удобнее, чем по теме на программу. Имхо.
Priroda 6

task=%s job type, values are:
energy
gradient
hessian
optimize - geometry optimization - see $optimize
irc - intrinsic reaction coordinate - see $optimize
scan - relaxed potential energy surface scan
- see $optimize
nmr - NMR shielding tensors (DFT only)
dipole - numeric evaluation of dipole polarizabilities
and their first derivatives w.r.t. nuclear coordinates
...
theory=%s theoretical method:
dft - GGA DFT using density fitting
ridft - hybrid DFT with exact exchange using
resolution-of-identity integral approximiation
tddft - GGA time-dependent DFT
rimp2 - second-order M\oller-Plesset perturbation theory
using the RI approximation

ccsd - CCSD
ccsd4t - CCSD(T)

Вик
Сообщения: 40
Зарегистрирован: Чт апр 21, 2005 7:43 am
Контактная информация:

Re: Какую квантовую программу покупать?

Сообщение Вик » Пн июн 04, 2007 11:35 am

Polychemist писал(а):Есть желание и возможность купить чего-то для квантов. Посоветуйте, плиззз, что оптимальнее.
Задачи: довольно большие системы, пептиды аминокислот на 5-10-20, куски синтетических полимеров, атомы: С. Н, N, S, Si, Zn, Cu и что еще в голову начальству взбредет...
.
Turbomole (RI-метод) или ,как уже посоветовали, MOLPRO (Local-метод). Если QМ/ММ, то GUK (GAMESS-UK), MOLCAS.

Best regards,
Vic.

Аватара пользователя
Tulippa
Сообщения: 1559
Зарегистрирован: Чт июн 21, 2007 8:45 am

Сообщение Tulippa » Пт июн 22, 2007 1:17 pm

Офф: При упоминании гауссиана у меня до сих пор зубы сводит, руки создателю отбить надо ИМХО. :evil:

land
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Ср июн 20, 2007 9:37 pm

Сообщение land » Пт июн 22, 2007 1:53 pm

ну для кучи можно предложить ADF (www.scm.com)
умеет очень хорошо делать DFT по-амстердамски (Amsterdam Density Func.) :D
релятивистские и нерелятивистские расчеты, переходные металлы - все это ей по зубам уже давно
проблема только в цене - дороговато получается :twisted:

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость