Не запускается Гауссиан в Линуксе. Прошу помочь!

serpent8 · Сообщение **serpent8** » Пт мар 16, 2007 2:58 pm

Не запускается Гауссиан в Линуксе.

Использую Мандриву 2007 официальную коробочную версию.
Версия моего гауссиана - Gaussian.03.vB.02.Linux
Вначале кладу libpgc.so и util.so в /lib и получаю права пользователя root, затем делаю все, как описано в руководстве по использованию программы GAUSSIAN. (т.е. в директории g03 сначала в bash:
g03root=/home/мое_имя; export g03root
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
./g03 <test.com 2>&1 >test.log

затем в csh:
setenv g03root /home/мое_имя
source &g03root/g03/bsd/g03.login
./g03 <test.com >& test.log
)
В фигурных скобках привожу текст test.com'a:
{
#p rhf/lp-31g test pop=reg

Gaussian Test Job 56
METHANE, LP-31G PSEUDO-POTENTIAL BASIS save lp file.

0 1
C
H 1 R
H 1 R 2 T
H 1 R 2 T 3 T 1
H 1 R 2 T 3 T -1

R 1.09

T 109.471221
}

В test.log в bash я получаю:
{
Entering Gaussian System, Link 0=/home/irina/g03/g03
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is "/home/irina/g03/bsd:/home/irina/g03/private:/home/irina/g03"
: No such file or directory
Segmentation fault
}

В test.log в csh я получаю:
{
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is "/home/irina/g03/bsd:/home/irina/g03/local:/home/irina/g03/extras:/home/irina/g03"
: No such file or directory
Entering Gaussian System, Link 0=/home/irina/g03/g03
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is "/home/irina/g03/bsd:/home/irina/g03/local:/home/irina/g03/extras:/home/irina/g03"
Segmentation fault
}
P.S. команды задавались и в скриптах, и в консоли. Скрипты делались исполнимыми, начинались, как обычно (#!/bin/sh или же #!/bin/csh)

Yu/2 · Сообщение **Yu/2** » Пт мар 16, 2007 4:17 pm

У Вас гауссиан лицензионный?

serpent8 · Сообщение **serpent8** » Пт мар 16, 2007 5:39 pm

Yu/2 писал(а):У Вас гауссиан лицензионный?

Увы... Пока нет. Но запустить хочется.

Yu/2 · Сообщение **Yu/2** » Пт мар 16, 2007 6:39 pm

serpent8 писал(а):
Yu/2 писал(а):У Вас гауссиан лицензионный?
Увы... Пока нет. Но запустить хочется.

Ну тогда установите правильно переменную g03root

Если работать в bash, то в .bashrc можно попробовать прописать что-то вроде:

export g03root=/opt/gaussian/
export GAUSS_SCRDIR=/scratch/
source $g03root/g03/bsd/g03.profile

/opt/gaussian/ - это где лежит гауссиан (у Вас может быть в другом месте)

/scratch/ - куда писать rwf файлы.

serpent8 · Сообщение **serpent8** » Вс мар 18, 2007 8:25 pm

Yu/2 писал(а):
serpent8 писал(а):
Yu/2 писал(а):У Вас гауссиан лицензионный?
Увы... Пока нет. Но запустить хочется.
Ну тогда установите правильно переменную g03root

Если работать в bash, то в .bashrc можно попробовать прописать что-то вроде:

export g03root=/opt/gaussian/
export GAUSS_SCRDIR=/scratch/
source $g03root/g03/bsd/g03.profile

/opt/gaussian/ - это где лежит гауссиан (у Вас может быть в другом месте)

/scratch/ - куда писать rwf файлы.

Спасибо за ответ! Но, увы, не работает, диагностика та же самая. Если есть другие мысли, поделитесь.
Спасибо!

Yu/2 · Сообщение **Yu/2** » Пн мар 19, 2007 11:39 am

покажите export -p

serpent8 · Сообщение **serpent8** » Пн мар 19, 2007 11:59 pm

Yu/2 писал(а):покажите export -p

Сначала запускается скрипт:
=============================
#!/bin/bash
export g03root=/home/irina/
export GAUSS_SCRDIR=/home/irina/g03/za_scratch/
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
./g03 < ./za.com >& ./za.log
=============================
получаем Segmentation fault,

затем export -p:
=================================
declare -x BROWSER="/usr/bin/www-browser"
declare -x COLORTERM=""
declare -x DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS="unix:abstract=/tmp/dbus-EHMf7QtoZy,guid=5feefe45656bac42e558366805553700"
declare -x DESKTOP="kde"
declare -x DESKTOP_SESSION="01KDE"
declare -x DISPLAY=":0.0"
declare -x DM_CONTROL="/var/run/xdmctl"
declare -x ENV="/root/.bashrc"
declare -x GCONF_TMPDIR="/tmp"
declare -x GS_LIB="/home/irina/.fonts"
declare -x G_FILENAME_ENCODING="@locale"
declare -x HISTCONTROL="ignoredups"
declare -x HISTSIZE="1000"
declare -x HOME="/root"
declare -x HOSTNAME="localhost"
declare -x INPUTRC="/etc/inputrc"
declare -x JAVA_HOME="/usr/lib/jre-1_5_0_08"
declare -x KDE_FULL_SESSION="true"
declare -x KDE_MULTIHEAD="false"
declare -x KONSOLE_DCOP="DCOPRef(konsole-4081,konsole)"
declare -x KONSOLE_DCOP_SESSION="DCOPRef(konsole-4081,session-1)"
declare -x LANG="en_US.UTF-8"
declare -x LANGUAGE="en_US.UTF-8:en_US:en"
declare -x LC_ADDRESS="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_COLLATE="en_US.UTF-8"
declare -x LC_CTYPE="en_US.UTF-8"
declare -x LC_IDENTIFICATION="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_MEASUREMENT="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_MESSAGES="en_US.UTF-8"
declare -x LC_MONETARY="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_NAME="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_NUMERIC="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_PAPER="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_SOURCED="1"
declare -x LC_TELEPHONE="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_TIME="en_US.UTF-8"
declare -x LESS="-MM"
declare -x LESSCHARSET="utf-8"
declare -x LESSKEY="/etc/.less"
declare -x LESSOPEN="|/usr/bin/lesspipe.sh %s"
declare -x LOGNAME="irina"
declare -x LS_COLORS="no=00:fi=00:di=01;34:ln=01;36:pi=40;33:so=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=01;05;37;41:mi=01;05;37;41:ex=01;32:*.cmd=01;32:*.exe=01;32:*.com=01;32:*.btm=01;32:*.bat=01;32:*.sh=01;32:*.csh=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lzh=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.gz=01;31:*.bz2=01;31:*.bz=01;31:*.tz=01;31:*.rpm=01;31:*.cpio=01;31:*.jpg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.png=01;35:*.tif=01;35:"
declare -x MAIL="/var/spool/mail/irina"
declare -x MDV_MENU_STYLE="mandriva"
declare -x META_CLASS="powerpack"
declare -x OLDPWD
declare -x PATH="/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/lib/qt3//bin"
declare -x PWD="/home/irina/g03"
declare -x PYTHONSTARTUP="/etc/pythonrc.py"
declare -x QTDIR="/usr/lib/qt3/"
declare -x SCREENDIR="/home/irina/tmp"
declare -x SECURE_LEVEL="2"
declare -x SESSION_MANAGER="local/localhost:/tmp/.ICE-unix/3969"
declare -x SHELL="/bin/bash"
declare -x SHLVL="3"
declare -x SSH_ASKPASS="/usr/lib/ssh/ssh-askpass"
declare -x TERM="xterm"
declare -x TMP="/root/tmp"
declare -x TMPDIR="/root/tmp"
declare -x USER="irina"
declare -x USERNAME="root"
declare -x WINDOWID="48234503"
declare -x XAUTHORITY="/home/irina/.Xauthority"
declare -x XCURSOR_THEME="default"
declare -x XDG_CONFIG_DIRS="/etc/xdg:/etc/xdg/kde/"
declare -x XDM_MANAGED="/var/run/xdmctl/xdmctl-:0,maysd,mayfn,sched,rsvd,method=classic,auto"
declare -x XMODIFIERS="@im=none"
===========================

Marxist · Сообщение **Marxist** » Вт мар 20, 2007 12:56 am

Код: Выделить всё

#!/bin/bash
export g03root=/home/irina/
export GAUSS_SCRDIR=/home/irina/g03/za_scratch/
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
./g03 < ./za.com >& ./za.log

а не проще

Код: Выделить всё

export g03root=/home/irina/
export GAUSS_SCRDIR=/home/irina/g03/za_scratch/
source $g03root/g03/bsd/g03.profile

в .bashrc прописать? вроде бы должно быть надёжней

Yu/2 · Сообщение **Yu/2** » Вт мар 20, 2007 1:51 pm

Ну вот видите - у Вас нет нужных переменных.

Вот какие должны быть (с другими путями, естественно):

declare -x G03BASIS="/opt/gaussian//g03/basis"
declare -x GAUSS_ARCHDIR="/opt/gaussian//g03/arch"
declare -x GAUSS_EXEDIR="/opt/gaussian//g03/bsd:/opt/gaussian//g03/private:/opt/gaussian//g03"
declare -x GAUSS_LEXEDIR="/opt/gaussian//g03/linda-exe"
declare -x GAUSS_SCRDIR="/scratch/"
declare -x g03root="/opt/gaussian/"

serpent8 · Сообщение **serpent8** » Ср мар 21, 2007 8:10 pm

Yu/2 писал(а):Ну вот видите - у Вас нет нужных переменных.

Вот какие должны быть (с другими путями, естественно):

declare -x G03BASIS="/opt/gaussian//g03/basis"
declare -x GAUSS_ARCHDIR="/opt/gaussian//g03/arch"
declare -x GAUSS_EXEDIR="/opt/gaussian//g03/bsd:/opt/gaussian//g03/private:/opt/gaussian//g03"
declare -x GAUSS_LEXEDIR="/opt/gaussian//g03/linda-exe"
declare -x GAUSS_SCRDIR="/scratch/"
declare -x g03root="/opt/gaussian/"

Переменные задала:
==================================

declare -x BROWSER="/usr/bin/www-browser"
declare -x COLORTERM=""
declare -x DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS="unix:abstract=/tmp/dbus-EziAJRnSbG,guid=914c0146c653a149a087e3c02fdd2600"
declare -x DESKTOP="kde"
declare -x DESKTOP_SESSION="01KDE"
declare -x DISPLAY=":0.0"
declare -x DM_CONTROL="/var/run/xdmctl"
declare -x ENV="/root/.bashrc"
declare -x G03BASIS="/home/irina//g03/basis"
declare -x GAUSS_ARCHDIR="/home/irina//g03/arch"
declare -x GAUSS_EXEDIR="/home/irina//g03/bsd:/home/irina//g03/private:/home/irina//g03"
declare -x GAUSS_LEXEDIR="/home/irina//g03/linda-exe"
declare -x GAUSS_SCRDIR="/home/irina//g03/za_scratch/"
declare -x GCONF_TMPDIR="/tmp"
declare -x GS_LIB="/home/irina/.fonts"
declare -x G_FILENAME_ENCODING="@locale"
declare -x HISTCONTROL="ignoredups"
declare -x HISTSIZE="1000"
declare -x HOME="/root"
declare -x HOSTNAME="localhost"
declare -x INPUTRC="/etc/inputrc"
declare -x JAVA_HOME="/usr/lib/jre-1_5_0_08"
declare -x KDE_FULL_SESSION="true"
declare -x KDE_MULTIHEAD="false"
declare -x KONSOLE_DCOP="DCOPRef(konsole-4270,konsole)"
declare -x KONSOLE_DCOP_SESSION="DCOPRef(konsole-4270,session-1)"
declare -x LANG="en_US.UTF-8"
declare -x LANGUAGE="en_US.UTF-8:en_US:en"
declare -x LC_ADDRESS="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_COLLATE="en_US.UTF-8"
declare -x LC_CTYPE="en_US.UTF-8"
declare -x LC_IDENTIFICATION="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_MEASUREMENT="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_MESSAGES="en_US.UTF-8"
declare -x LC_MONETARY="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_NAME="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_NUMERIC="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_PAPER="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_SOURCED="1"
declare -x LC_TELEPHONE="ru_RU.UTF-8"
declare -x LC_TIME="en_US.UTF-8"
declare -x LESS="-MM"
declare -x LESSCHARSET="utf-8"
declare -x LESSKEY="/etc/.less"
declare -x LESSOPEN="|/usr/bin/lesspipe.sh %s"
declare -x LOGNAME="irina"
declare -x LS_COLORS="no=00:fi=00:di=01;34:ln=01;36:pi=40;33:so=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=01;05;37;41:mi=01;05;37;41:ex=01;32:*.cmd=01;32:*.exe=01;32:*.com=01;32:*.btm=01;32:*.bat=01;32:*.sh=01;32:*.csh=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lzh=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.gz=01;31:*.bz2=01;31:*.bz=01;31:*.tz=01;31:*.rpm=01;31:*.cpio=01;31:*.jpg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.png=01;35:*.tif=01;35:"
declare -x MAIL="/var/spool/mail/irina"
declare -x MDV_MENU_STYLE="mandriva"
declare -x META_CLASS="powerpack"
declare -x OLDPWD="/home/irina"
declare -x PATH="/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/lib/qt3//bin"
declare -x PWD="/home/irina/g03"
declare -x PYTHONSTARTUP="/etc/pythonrc.py"
declare -x QTDIR="/usr/lib/qt3/"
declare -x SCREENDIR="/home/irina/tmp"
declare -x SECURE_LEVEL="2"
declare -x SESSION_MANAGER="local/localhost:/tmp/.ICE-unix/3906"
declare -x SHELL="/bin/bash"
declare -x SHLVL="3"
declare -x SSH_ASKPASS="/usr/lib/ssh/ssh-askpass"
declare -x TERM="xterm"
declare -x TMP="/root/tmp"
declare -x TMPDIR="/root/tmp"
declare -x USER="irina"
declare -x USERNAME="root"
declare -x WINDOWID="50331655"
declare -x XAUTHORITY="/home/irina/.Xauthority"
declare -x XCURSOR_THEME="default"
declare -x XDG_CONFIG_DIRS="/etc/xdg:/etc/xdg/kde/"
declare -x XDM_MANAGED="/var/run/xdmctl/xdmctl-:0,maysd,mayfn,sched,rsvd,method=classic,auto"
declare -x XMODIFIERS="@im=none"
declare -x g03root="/home/irina/"
declare -x za="ewq"
===============================

и опять segmentation fault. Может быть, нельзя размещать /g03/ в /home/irina/ ?

Yu/2 · Сообщение **Yu/2** » Ср мар 21, 2007 8:20 pm

а вот segmentation fault - это уже наверное никак Вам не исправить. По нормальному, гауссиан собирают под конкретный линукс из исходников. У вас, как я понимаю, только бинарники. Видимо они не совместимы с вашей системой.

serpent8 · Сообщение **serpent8** » Чт мар 22, 2007 12:17 am

Yu/2 писал(а):а вот segmentation fault - это уже наверное никак Вам не исправить. По нормальному, гауссиан собирают под конкретный линукс из исходников. У вас, как я понимаю, только бинарники. Видимо они не совместимы с вашей системой.

Спасибо за помощь! Видимо, Вы правы, моя версия гауссиана со мной не дружит. Благодарю за потраченное на меня время.

Вик · Сообщение **Вик** » Пн апр 16, 2007 1:28 am

serpent8 писал(а):
Yu/2 писал(а):а вот segmentation fault - это уже наверное никак Вам не исправить. По нормальному, гауссиан собирают под конкретный линукс из исходников. У вас, как я понимаю, только бинарники. Видимо они не совместимы с вашей системой.
Спасибо за помощь! Видимо, Вы правы, моя версия гауссиана со мной не дружит. Благодарю за потраченное на меня время.

[Д/Б]одрого дремени суток.

Попробуйте перед запуском Гауссиана выполнить команду :

ulimit -s unlimited

Часто это решает многие проблемы без хирургического вмешательства -)

Также представляет интерес вывод следующих команд :

file $g03root/g03/exe/g03

и

uname -m

WBW,
Vic.

serpent8 · Сообщение **serpent8** » Пн апр 16, 2007 10:06 pm

[Д/Б]одрого дремени суток.

Попробуйте перед запуском Гауссиана выполнить команду :

ulimit -s unlimited

Часто это решает многие проблемы без хирургического вмешательства -)

Также представляет интерес вывод следующих команд :

file $g03root/g03/exe/g03

и

uname -m

WBW,
Vic.

Спасибо! Обязательно сообщу о результатах.

buraten · Сообщение **buraten** » Пн май 14, 2007 12:30 pm

Скажите пожалуйста, какую роль играет Linda в составе Gaussian и для чего она нужна

Yu/2 · Сообщение **Yu/2** » Пн май 14, 2007 12:38 pm

buraten писал(а):Скажите пожалуйста, какую роль играет Linda в составе Gaussian и для чего она нужна

Для работы на кластере.

buraten · Сообщение **buraten** » Пн май 14, 2007 1:04 pm

А можно с ее помощью распараллелить задачу на двухъядерном компьютере?

Yu/2 · Сообщение **Yu/2** » Пн май 14, 2007 1:15 pm

buraten писал(а):А можно с ее помощью распараллелить задачу на двухъядерном компьютере?

Не знаю. Без нее - точно можно.

buraten · Сообщение **buraten** » Пн май 21, 2007 3:38 pm

Не знаю. Без нее - точно можно.

Это как? При %nproc=2 хронология загрузки ЦП показывает использование только одного ядра. А полноценная поддержка двухядерных процессоров появилась только в Rev. D01/D02 да и то в параллельной версии.

Yu/2 · Сообщение **Yu/2** » Пн май 21, 2007 5:40 pm

%NProcShared=2

Но эффект будет только если Gaussian нужным образом собран. А в винде, как Вы правильно заметили, еще и версия нужна не менее G03 Rev. D.01

Форум химиков

Не запускается Гауссиан в Линуксе. Прошу помочь!

Не запускается Гауссиан в Линуксе. Прошу помочь!

Кто сейчас на конференции