Note on PC GAMESS/Firefly related questions
-
- Сообщения: 50
- Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
- Контактная информация:
Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Уважаемые пользователи форума!
У меня к Вам большая просьба - если у Вас есть вопросы по PC GAMESS или PC GAMESS/Firefly,
на которые Вам (или коллективному разуму форума) не удалось найти ответа здесь,
или же Вы полагаете, что Вам не удалось их найти, задавайте их нам на нашем форуме PC GAMESS/Firefly.
Дело в том, что не на все вопросы можно ответить, исходя только из общих принципов квантовой
механики или личного, пусть и богатого, опыта расчетов. Во многих (особенно нетривиальных)
случаях, необходимо знать изнутри, как работает программа. Как пример, приведу лишь недавнее
обсуждение максимального объема памяти, доступного PC GAMESS/Firefly.
Поскольку я бываю у Вас в гостях в среднем раз в год , очевидно, я не могу проверить,
что на все вопросы были найдены правильные ответы. Однако, бегло просмотрев ряд тем, я пришел
к выводу, что вероятность такого события - около пятидесяти процентов.
И не бойтесь, пожалуйста не бойтесь писать на наш форум по английски и делать при этом ошибки.
Ошибки делают все, и ошибка в построении фразы на английском - это далеко не самая страшная
вещь на свете. Казалось бы, очевидно, но мы точно знаем, что очень многих останавливает именно это.
И последнее - я получаю огромное число писем в день с вопросами о программе. Если письмо пришло
на английском, я стараюсь ненавязчиво перенаправить вопрос на наш форум. Конечно, это получается
не всегда, но определённый результат дает. Но если письмо пришло на русском... мне обычно приходится
на русском же на него и отвечать, отвечать лично автору, при этом сознавая, что КПД такого процесса
гораздо ниже. А ведь во многих случаях, мне пишут именно тогда, когда здесь ответ найти невозможно...
-Александр Грановский
У меня к Вам большая просьба - если у Вас есть вопросы по PC GAMESS или PC GAMESS/Firefly,
на которые Вам (или коллективному разуму форума) не удалось найти ответа здесь,
или же Вы полагаете, что Вам не удалось их найти, задавайте их нам на нашем форуме PC GAMESS/Firefly.
Дело в том, что не на все вопросы можно ответить, исходя только из общих принципов квантовой
механики или личного, пусть и богатого, опыта расчетов. Во многих (особенно нетривиальных)
случаях, необходимо знать изнутри, как работает программа. Как пример, приведу лишь недавнее
обсуждение максимального объема памяти, доступного PC GAMESS/Firefly.
Поскольку я бываю у Вас в гостях в среднем раз в год , очевидно, я не могу проверить,
что на все вопросы были найдены правильные ответы. Однако, бегло просмотрев ряд тем, я пришел
к выводу, что вероятность такого события - около пятидесяти процентов.
И не бойтесь, пожалуйста не бойтесь писать на наш форум по английски и делать при этом ошибки.
Ошибки делают все, и ошибка в построении фразы на английском - это далеко не самая страшная
вещь на свете. Казалось бы, очевидно, но мы точно знаем, что очень многих останавливает именно это.
И последнее - я получаю огромное число писем в день с вопросами о программе. Если письмо пришло
на английском, я стараюсь ненавязчиво перенаправить вопрос на наш форум. Конечно, это получается
не всегда, но определённый результат дает. Но если письмо пришло на русском... мне обычно приходится
на русском же на него и отвечать, отвечать лично автору, при этом сознавая, что КПД такого процесса
гораздо ниже. А ведь во многих случаях, мне пишут именно тогда, когда здесь ответ найти невозможно...
-Александр Грановский
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
понятно теперь куда лезть с вопросами, если что.
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Что-то не открывается у меня http://classic.chem.msu.su/ . Что-то случилось с сайтом?
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
В МГУ перерегистрируют сайты. Когда вопрос с перерегистраций утрясется, сайт откроется (возможно, по новому адресу)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Похоже, сайт Грановского заработал.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
А кто-нибудь знает, что случилось с сайтом опять? В последние дни вообще нельзя было зайти в некоторые разделы, теперь вроде можно, но при попытке написать в форуме я получаю сообщение: "You are not permitted to post messages on this forum."
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Форум снова заработал, все в порядке!
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Да, спасибо, я уже заметилsanya1024 писал(а):Форум снова заработал, все в порядке!
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Бета FireFly (начиная с сентябрьских билдов) вылетает после проверки на время использования. Обнаруживает, что outdated -- и привет.
Про новые беты тут: http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceil ... 960-00.htm
Про новые беты тут: http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceil ... 960-00.htm
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
-
- Сообщения: 50
- Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
- Контактная информация:
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Да, это так.
Я приношу всем извинения за эти неудобства, но практика показывает, что пользователи очень редко обновляют версию программы, которую они используют. А так как речь все же идет о бета версиях, в них было решено добавить такую проверку.
Я приношу всем извинения за эти неудобства, но практика показывает, что пользователи очень редко обновляют версию программы, которую они используют. А так как речь все же идет о бета версиях, в них было решено добавить такую проверку.
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
лучше бы появилась совместимость с 64bit MPI)
- dr_Strangelove
- Сообщения: 1116
- Зарегистрирован: Пн окт 18, 2004 9:17 pm
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Никто не знает, случаем, когда сайт снова заработает?
Очень мельком услышал о появившейся поддержке CUDA, и чешутся руки посмотреть - и, как на зло, ни релиз восьмой не скачать, ни конфу с туториалами посмотреть на эту тему.
Очень мельком услышал о появившейся поддержке CUDA, и чешутся руки посмотреть - и, как на зло, ни релиз восьмой не скачать, ни конфу с туториалами посмотреть на эту тему.
Коммунистов упрекают, будто они хотят отменить отечество, национальность. Рабочие не имеют отечества. У них нельзя отнять то, чего у них нет.
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Насколько помню, поддержка CUDA только для MP2 реализована была. Но могу ошибаться.dr_Strangelove писал(а):Никто не знает, случаем, когда сайт снова заработает?
Очень мельком услышал о появившейся поддержке CUDA, и чешутся руки посмотреть - и, как на зло, ни релиз восьмой не скачать, ни конфу с туториалами посмотреть на эту тему.
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Сервер поломался. Причем довольно серьезно. Диски вроде живы, но воткнуть их пока некуда. Так что ждем-сdr_Strangelove писал(а):Никто не знает, случаем, когда сайт снова заработает?
Очень мельком услышал о появившейся поддержке CUDA, и чешутся руки посмотреть - и, как на зло, ни релиз восьмой не скачать, ни конфу с туториалами посмотреть на эту тему.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
-
- Сообщения: 50
- Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
- Контактная информация:
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Здравствуйте всем,
в пятницу днем все починил, пока работает
АГ
в пятницу днем все починил, пока работает
АГ
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
После 2-х вопросов в соседней ветке я понял, что осталось здать еще два вопроса.
Александр, какие сильные стороны программы firefly, которые выделяют ее среди множества других квантово-химических программ вы могли бы назвать?
Какой функциональности в firefly нет и не будет, или какая функциональность реализована на недостаточно высоком уровне.
НЕ сочтите мой вопрос провокационным.
Александр, какие сильные стороны программы firefly, которые выделяют ее среди множества других квантово-химических программ вы могли бы назвать?
Какой функциональности в firefly нет и не будет, или какая функциональность реализована на недостаточно высоком уровне.
НЕ сочтите мой вопрос провокационным.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.
-
- Сообщения: 50
- Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
- Контактная информация:
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Как я писал, я бываю на этом форуме редко, а тут еще и уведомление не пришло про Ваше письмо, не знаю почему, так что отвечаю только сейчас - увидел этот пост случайно.kbob писал(а):После 2-х вопросов в соседней ветке я понял, что осталось здать еще два вопроса.
Александр, какие сильные стороны программы firefly, которые выделяют ее среди множества других квантово-химических программ вы могли бы назвать?
Какой функциональности в firefly нет и не будет, или какая функциональность реализована на недостаточно высоком уровне.
НЕ сочтите мой вопрос провокационным.
Вопрос вполне нормальный, и обижаться тут не за что. В принципе, то, что написано на главной странице нашего сайта, отвечает действительности. Я считаю, что у нас самый быстрый и самый масштабируемый код для канонического MP2 и градиентов MP2. Кроме того, у нас безусловно самый быстрый и самый масштабируемый код для CASSCF, SA-CASSCF и градиентов SA-CASSCF. И самый быстрый код для XMCQDPT2 (а заодно и для MCQDPT2). И более того, он намного быстрее, чем известные мне реализации родственных QD-NEVPT2 и MS-CASPT2/XMS-CASPT2. Я также думаю, что у нас оочень неплохой код для MP3 и MP4, но все же этот код староват.
Хартри-Фок и гибридное ДФТ без дополнительных предположений про обмен у нас вполне на уровне, но не являются самоцелью. Ну и вполне разумный код для TD-DFT и CIS. Быстрая полуэмпирика, но у Юрия быстрее
В том, что написано выше, слова "быстрый", "эффективный" и "масштабируемый "подразумевают "для больших систем". В каком смысле система большая, зависит от контекста. Но, как правило, это подразумевает, что либо много атомов, либо много базисных функций, либо большое активное пространство, либо произвольные комбинации этих базовых параметров.
У Firefly своего рода двоякое позиционирование - с одной стороны, он предназначен для моделирования возбужденных состояний больших систем, с другой, большинству наших пользователей нужно в первую очередь быстрое ДФТ и быстрое MP2.
Того, что в Firefly в ближайшее время не будет - это методов типа CC и EOM-CC. Наверное, не будет пока и градиентов для TD-DFT, хотя за это нас многие ругают. Не будет методов R12 и F12. Firefly не предназначен для релятивистких расчетов (кроме разве что спин-орбиты). Нет композитных методов. Довольно много чего нет, но за всем и не угонишься.
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Не менее важным фактором является и значительная экономия оперативной памяти, что позволяет, при прочих равных условиях, производить расчет значительно бОльших молекулярных систем.Alex Granovsky писал(а): Быстрая полуэмпирика, но у Юрия быстрее
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
У меня вчера просто разорвало мозг.
Решил посчитать аналитический гессиан переходного состояния методом MRMP2(2,2)/cc-pVDZ.
Казалось бы что-тут такого.
В ORCA например аналитический гессиан считается через вычисление энергии в 6*(количество атомов) точках.
Но с ORCA жизнь не задалась http://www.cec.mpg.de/forum/viewtopic.php?f=8&t=353.
Пришлось обратится за расчетом аналитического гессиана в GAMESS. (check input под катом)
[cut]! calculation on cubane.
!
$CONTRL SCFTYP=MCSCF MPLEVL=2 RUNTYP=HESSIAN COORD=CART ISPHER=1.
exetyp=check $END
$SYSTEM TIMLIM=600 MWORDS=300 $END
$BASIS GBASIS=CCD $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$DET NCORE=27 NACT=2 NELS=2 $END
$FORCE METHOD=FULLNUM $END
$DATA
Cubane MRMP2(2,2)/cc-pVDZ geometry optimization
C1
H 1.0 1.415316 -1.415316 1.628852
C 6.0 0.694536 -0.694536 1.301797
H 1.0 1.204835 -1.204835 -2.001012
C 6.0 0.787041 -0.787041 -1.101514
H 1.0 1.384481 1.474109 1.337685
C 6.0 0.782107 0.743535 0.819076
H 1.0 1.474350 1.384696 -1.263788
C 6.0 0.831240 0.695596 -0.737972
H 1.0 -1.320808 1.320808 -1.472706
C 6.0 -0.732585 0.732585 -0.786858
H 1.0 -1.405989 1.405988 1.367577
C 6.0 -0.779388 0.779388 0.753866
H 1.0 -1.474109 -1.384480 1.337685
C 6.0 -0.743535 -0.782107 0.819075
H 1.0 -1.384695 -1.474349 -1.263789
C 6.0 -0.695596 -0.831240 -0.737972
$END[/cut]
Выясняю, что в GAMESS для расчета тогоже гессиана требуется уже 4608 точек .
Зачем нужны 4608 точек неужеле для вычисления 2-х производных нельзя обойтись 6*N точками.
Есть в GAMESS алгоритм с 6*N точками?
Решил посчитать аналитический гессиан переходного состояния методом MRMP2(2,2)/cc-pVDZ.
Казалось бы что-тут такого.
В ORCA например аналитический гессиан считается через вычисление энергии в 6*(количество атомов) точках.
Но с ORCA жизнь не задалась http://www.cec.mpg.de/forum/viewtopic.php?f=8&t=353.
Пришлось обратится за расчетом аналитического гессиана в GAMESS. (check input под катом)
[cut]! calculation on cubane.
!
$CONTRL SCFTYP=MCSCF MPLEVL=2 RUNTYP=HESSIAN COORD=CART ISPHER=1.
exetyp=check $END
$SYSTEM TIMLIM=600 MWORDS=300 $END
$BASIS GBASIS=CCD $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$DET NCORE=27 NACT=2 NELS=2 $END
$FORCE METHOD=FULLNUM $END
$DATA
Cubane MRMP2(2,2)/cc-pVDZ geometry optimization
C1
H 1.0 1.415316 -1.415316 1.628852
C 6.0 0.694536 -0.694536 1.301797
H 1.0 1.204835 -1.204835 -2.001012
C 6.0 0.787041 -0.787041 -1.101514
H 1.0 1.384481 1.474109 1.337685
C 6.0 0.782107 0.743535 0.819076
H 1.0 1.474350 1.384696 -1.263788
C 6.0 0.831240 0.695596 -0.737972
H 1.0 -1.320808 1.320808 -1.472706
C 6.0 -0.732585 0.732585 -0.786858
H 1.0 -1.405989 1.405988 1.367577
C 6.0 -0.779388 0.779388 0.753866
H 1.0 -1.474109 -1.384480 1.337685
C 6.0 -0.743535 -0.782107 0.819075
H 1.0 -1.384695 -1.474349 -1.263789
C 6.0 -0.695596 -0.831240 -0.737972
$END[/cut]
Выясняю, что в GAMESS для расчета тогоже гессиана требуется уже 4608 точек .
Зачем нужны 4608 точек неужеле для вычисления 2-х производных нельзя обойтись 6*N точками.
Есть в GAMESS алгоритм с 6*N точками?
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.
-
- Сообщения: 50
- Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
- Контактная информация:
Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions
Я не уверен, что этот раздел - хорошее место, чтобы задавать вопросы по GAMESS. Я отвечу тут, но надеюсь, что администраторы перенесут этот вопрос и ответ в другое место.
Посчитать гессиан за 6*N расчетов просто энергии невозмножно нигде , если N не является очень-очень маленьким числом (то есть система не атом и не двухатомная молекула )
Число нетривиальных компонент в гессиане пропорционально N в квадрате, так что линейным по N числом расчетов тут не обойдешься. Тот метод, который Вы упоминаете,
основан на вычислении 6*N аналитических градиентов энергии. 6*N - это два набора по 3*N смещений. Это позволяет оценить первую производную от вектора градиента с
использованием центральных разностей второго порядка. Поскольку первая производная от градиента - это и есть гессиан, мы и получаем требуемый результат.
Когда же градиенты недоступны, все становится довольно плохо. Матрица гессиана содержит порядка 3*N*3*N/2 нетривиальных элементов. Плюс к этому, для достаточно точной оценки второй
производной нужно использовать конечные разности довольно высоких порядков на специальных сетках. Отсюда в формуле возникает достаточно большой дополнительный множитель. Использование симметрии (если она есть) позволяет несколько его уменьшить. Но вы считаете в С1. В задаче 16 атомов, то есть 48 степеней свободы. Отсюда получаем, что GAMESS хочет использовать примерно 4 расчета для каждого нетривиального матричного элемента гессиана. Я бы сказал, что это довольно разумно.
Посчитать гессиан за 6*N расчетов просто энергии невозмножно нигде , если N не является очень-очень маленьким числом (то есть система не атом и не двухатомная молекула )
Число нетривиальных компонент в гессиане пропорционально N в квадрате, так что линейным по N числом расчетов тут не обойдешься. Тот метод, который Вы упоминаете,
основан на вычислении 6*N аналитических градиентов энергии. 6*N - это два набора по 3*N смещений. Это позволяет оценить первую производную от вектора градиента с
использованием центральных разностей второго порядка. Поскольку первая производная от градиента - это и есть гессиан, мы и получаем требуемый результат.
Когда же градиенты недоступны, все становится довольно плохо. Матрица гессиана содержит порядка 3*N*3*N/2 нетривиальных элементов. Плюс к этому, для достаточно точной оценки второй
производной нужно использовать конечные разности довольно высоких порядков на специальных сетках. Отсюда в формуле возникает достаточно большой дополнительный множитель. Использование симметрии (если она есть) позволяет несколько его уменьшить. Но вы считаете в С1. В задаче 16 атомов, то есть 48 степеней свободы. Отсюда получаем, что GAMESS хочет использовать примерно 4 расчета для каждого нетривиального матричного элемента гессиана. Я бы сказал, что это довольно разумно.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 12 гостей