Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2033
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт авг 12, 2022 2:18 pm

Tasha писал(а):
Пт авг 12, 2022 10:30 am
использовала QCC Front-End Беседина. Здесь на форуме есть ссылка на инсталяшку.
Спасибо!
Tasha писал(а):
Пт авг 12, 2022 10:30 am
h - декартовы координаты точки, см. в конце общий список xyz точек после xyz атомов
Не похоже. Декартовы координаты точки - это r (проверил). А h - это что-то инвариантное к xyz-координатам, похоже на некий вектор, связанный с точкой. Вот и интересно, что он означает и можно ли из него извлечь пользу для себя.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2033
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пн авг 15, 2022 9:28 am

Сделал визуализацию критических точек из Природы через molden. Сначала нужно над аутпутом Природы прогнать pri2mol, сгенерируется xyz-файл, и его открывать molden'ом, там Label - atom+charge.
Если в природовском инпуте сказано print=+charges+density, то выглядит так:
Screenshot_2022-08-15_13-26-38.png
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

idimicur
Сообщения: 1
Зарегистрирован: Ср ноя 15, 2023 4:01 pm

Re: Природа

Сообщение idimicur » Чт ноя 16, 2023 12:20 pm

Добрый день, коллеги!
Не мог бы кто-то привести актуальную инструкцию, как запустить Природу на компьютере с операционкой Windows 10? Знаю, что есть страница https://rad.chem.msu.ru/~laikov/p_w/, откуда ее можно скачать, но там ряд файлов (p1.exe, p1_190306.exe, p_190306.exe, xm.exe, cygwin1.dll) и решительно непонятно, что с этим делать. Раньше с Природой дела не имел, к сожалению. Спасите нуба, умоляю 😭

spa
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Чт дек 27, 2018 6:34 am

Re: Природа

Сообщение spa » Пн мар 18, 2024 12:13 pm

Копируете все файлы например в папку C:\pr\
Запуск C:\pr\p1.exe C:\pr\имя_исходного_файла C:\pr\имя_выходного_файла

spa
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Чт дек 27, 2018 6:34 am

Re: Природа

Сообщение spa » Пн мар 18, 2024 12:14 pm

Кто знает что за программа xm.exe?

Metalian
Сообщения: 114
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Чт мар 28, 2024 8:22 pm

spa писал(а):
Пн мар 18, 2024 12:14 pm
Кто знает что за программа xm.exe?
Если правильно помню, то визуализатор. Но не уверен.

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1154
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Пт мар 29, 2024 11:34 am

Да, это визуализатор .out файлов для Linux
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

leshii
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Ср мар 13, 2024 10:15 pm

Re: Природа

Сообщение leshii » Сб июл 13, 2024 4:44 pm

Всем добрый день! Кто-нибудь может подсказать, как теперь из .out "Природы" доставать информацию о молекулярных орбиталях (хотелось бы иметь в том числе и визуализацию)? Скрипт pri2mol, который раньше вроде как конвертировал все выходные данные в формат для Molden, почему-то, не работает, как будто бы в новых версиях "Природы" информация об орбиталях не начинается с mos>, или я чего-то не понимаю. Работаю через WSL. Спасибо большое.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2033
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пн июл 15, 2024 7:00 am

Priroda 23 (2023.06.22) (последняя)
Все работает как и раньше
В инпуте print=+vectors+molden в группе $control не забываете?

leshii
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Ср мар 13, 2024 10:15 pm

Re: Природа

Сообщение leshii » Вт июл 16, 2024 2:28 pm

Да, забыл дописывать +molden) Спасибо большое!

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Ср июл 17, 2024 8:13 pm

Здравствуйте, а в 23 версии Priroda появились какие-то новые возможности? Если я ничего не путаю, там возможно есть DFT функционал, учитывающий дисперсионные взаимодействия. Работает ли RI для него?
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2033
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт июл 18, 2024 5:25 am

YuraM писал(а):
Ср июл 17, 2024 8:13 pm
Если я ничего не путаю, там возможно есть DFT функционал, учитывающий дисперсионные взаимодействия. Работает ли RI для него?
На сайте Лайкова одновременно с последней версией Природы появился инпут 2H6C6_n3.dfl6a.1a.in. Похоже, это оно. Можно проверить. Но судя по theory=riDFT, RI работает.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Bing [Bot] и 5 гостей