Оптимизация молекул.

[ИСН]

Лёша, эт ты штоле? Ёлки, тесен мир...
Обзора щас под рукой нет - авось зальёт ктонить, у кого есть.

[PTornado]

Товарищи, я вообщем попробовал считать с разными типами симметрии. выходит, после разной длительности счета (смотря какую симметрию задаю) ошибка:

**** THERE ARE ATOMS LESS THAN 0.100 APART, QUITTING... ****

При этом такие выходные файлы получаються тяжелые, от 50 MB и больше.
Хотя все равно взял посмотрел в chemcraft-e что там получилось, ну полная ерунда: вместо одного углерода как бы три сросшихя, много много связей между ними и еле еле через дырочку там увидел азот )))
Это все когда я ставлю симметрию отличную от С1.

Работает без обрыва, пока только с C1, ну и то, как будто бы завис, уже пять часов считает , а выходной файл как был 144 КБ так и остаеться таким же.

[madness]

**** THERE ARE ATOMS LESS THAN 0.100 APART, QUITTING... ****

.

это значит что атомы сблизились в результате оптимайза ближе чем на 0.1 А. и гамес удивился, как же так типа)

[PTornado]

Да, это так, но дело не в этом, а в том, как от этого избавиться.

[alxyppv]

Немного странно, что этот ответ Вы получаете после длительного счета - обычно все сразу вылетает в таких случаях. Смысл вот в чем - когда Вы задаете симметрию, то надо указывать только симметрийно-неэквивалетные атомы (во всяком случае, так по умолчанию), и уже из них и исходя из операций симметрии для даннйо группы получаются остальные атомы. Если Вы дали атомов больше, чем надо, или просто не удачно их задали, то при размножении получется некая дикая геометрия, где некоторые атомы будут дублироваться, или - если, скажем, атом, который д.б. на плоскости, немного с этой плоскости смещен - то м.б. два атома очень близко, и т.п. Также там есть определенная конвенция по выбору осей и плоскостей, подробнее смотрите описание к Gamess

Если Вы пользуетесь ChemCraft, то там есть полезная опция - Вы можете задать группу симметрии, которую хотите (Edit/Set Point Group), а после того, как молекула симметризована, пойти в координаты (Coord) выбрать Show in Format/Gamess-US input (unique atoms). Тогда будут отображены только симметрийно неэквивалентные атомы для выбранной Вами группы симметрии, причем в сразу в виде блока $DATA, который можно целиком скопировать в input для Gamess.

[alxyppv]

Работает без обрыва, пока только с C1, ну и то, как будто бы завис, уже пять часов считает , а выходной файл как был 144 КБ так и остаеться таким же.

Собственно, в этом и заключается преимущество использования симметрии - все гораздо быстрее - если, конечно, правильно задать входной файл .

А с симметрией С1, да еще и с UHF, на одном компьютере так примерно и должно быть - несколько часов на одну итерацию.

[PTornado]

Спасибо Вам alxyppv, как посоветовали так и сделал, все получилось. И считал в принципе не очень долго с C2h симметрией. Минимум энергии нашел и азот точно в центре оказался.