программы для Бэйдеровского (Atom-in-Molecule) анализа

[alxyppv]

Уважаемые коллеги,
не знает ли кто какую-нибудь программу (желательно бесплатную) для Бэйдеровского анализа (при расчетах использую Gaussian и PC Gamess). В частности, интересуют заряды на атомах. Я сам смог найти программу, которая делает бэйдеровский анализ cube-файлов, но с Gaussian'ом какие-то проблемы: даже при весьма частой сетке недосчитываюсь 1-2 электронов (тогда как для cube, созданного PC Gamess, таких проблем нет). Есть также AIMPAC отт самого Бэйдера, но авторы только код предлагают - а я в некоторм роде ламер, мне бы готовый экзешник… Может что-нибудь еще существует?

[Darth Vasya]

Ну тогда надо в некотором роде над собой работать и научиться компилить проги хотя бы под cygwin'ом

[VTur]

Закачал PROAIM под виндовс в обменник. Примеры возьмите у Бейдера на сайте.

[Yu/2]

Уважаемые коллеги,
не знает ли кто какую-нибудь программу (желательно бесплатную) для Бэйдеровского анализа (при расчетах использую Gaussian и PC Gamess). В частности, интересуют заряды на атомах. Я сам смог найти программу, которая делает бэйдеровский анализ cube-файлов, но с Gaussian'ом какие-то проблемы: даже при весьма частой сетке недосчитываюсь 1-2 электронов (тогда как для cube, созданного PC Gamess, таких проблем нет). Есть также AIMPAC отт самого Бэйдера, но авторы только код предлагают - а я в некоторм роде ламер, мне бы готовый экзешник… Может что-нибудь еще существует?

Под текущий Debian Lenny могу дать уже собранные и исправленные программы из AIMPAC, но есть вероятность что не заработает в другом линуксе. С Gaussian-ом действительно есть проблемы, у меня рисуются несимметричные карты лапласиана для симметричных молекул. С PC GAMESS все работает правильно.

[alxyppv]

2 VTur Большое спасибо, буду пробовать

Под текущий Debian Lenny могу дать уже собранные и исправленные программы из AIMPAC, но есть вероятность что не заработает в другом линуксе. С Gaussian-ом действительно есть проблемы, у меня рисуются несимметричные карты лапласиана для симметричных молекул. С PC GAMESS все работает правильно.

Yu/2, я был бы Вам очень благодарен если бы Вы залили это в exchange (ну или еще как-нибудь). У меня Ubuntu стоит (старенький достаточно, но все же) - буду пробовать. С Гауссианом, как я понял, может быть специфическая проблема - он автоматом выкидывает базисные ф-ции если имеет место линейная зависомость, но никому об этом не говорит - вот AIMPAC и балдеет. А еще оказалось, что в гауссиане в самом есть AIM-анализ. Я смутно помнил, что он был в G98, но он никогда раньше мне не был нужен, а посмотрел хелп к G03 - и ничего не нашел. Но если поставить, скажем, aim=charges, то он вроде работает... во всяком случае, воду он посчитал прекрасно но с моими фуллеренами вылетает - какие-то проблемы с циклами (Irreparable ring damage: the gap cannot be bridged).

[VTur]

А еще оказалось, что в гауссиане в самом есть AIM-анализ. Я смутно помнил, что он был в G98, но он никогда раньше мне не был нужен, а посмотрел хелп к G03 - и ничего не нашел. Но если поставить, скажем, aim=charges, то он вроде работает... во всяком случае, воду он посчитал прекрасно но с моими фуллеренами вылетает - какие-то проблемы с циклами (Irreparable ring damage: the gap cannot be bridged).

03 может выдавать всякую бяку. Там какие-то нестыковки в опретивной памяти, или кодировки (между оверлеями) временами расходятся. Хотя, иногда, что-то пролетает, но верить этому или не верить не знаешь.
В 98 анализ Числовского. Алгоритмы немного не совпадают с каноническими. Поэтому, с Бейдеровскими данными есть расхождение. Но для связей данные очень близки. Однако, в 98 заряды на атомах не есть Бейдеровские (интегрированием по объёму). Это GAPT заряды. Они меньше Бейдеровских.