Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов.
Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов.
Всем хорош Gaussian, но для расчетов больших молекулярных систем полуэмпирическими методами не годится. Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а при расчете больших молекулярных систем полуэмпирическими методами и позволяет расчитывать значмтельно большие системы, чем GAMESS и PC GAMESS. Соответствующие статьи [9-11] можно скачать со страницы, посвященной процессору P4: http://www.thesa-store.com/products/
Последний раз редактировалось Yurii Ср авг 15, 2007 8:49 am, всего редактировалось 1 раз.
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Это прямиком в "зацените!"Yurii писал(а): Модифицированный мною GAMESS с разрешения его авторов значительно быстрей PC GAMESS'а
А если бы авторы не разрешили - был бы медленнее?
(Если что, я смысл понял, но вы читайте сами-то, что пишите...)
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Не совсем понял. Без разрешения нельзя было бы публиковаться. А модификация сначала была сделана из-за того, что GAMESS и PC GAMESS не позволяли расчитывать те системы, которые меня интересовали (слишком большие). Это потом я увидел, что моя версия GAMESS'а значительно быстрей PC GAMESS'а.eukar писал(а):Это прямиком в "зацените!"Yurii писал(а): Модифицированный мною GAMESS с разрешения его авторов значительно быстрей PC GAMESS'а
А если бы авторы не разрешили - был бы медленнее?
(Если что, я смысл понял, но вы читайте сами-то, что пишите...)
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
А вы сравнитеYurii писал(а):Не совсем понял. Без разрешения нельзя было бы публиковаться. А модификация сначала была сделана из-за того, что GAMESS и PC GAMESS не позволяли расчитывать те системы, которые меня интересовали (слишком большие). Это потом я увидел, что моя версия GAMESS'а значительно быстрей PC GAMESS'а.eukar писал(а):Это прямиком в "зацените!"Yurii писал(а): Модифицированный мною GAMESS с разрешения его авторов значительно быстрей PC GAMESS'а
А если бы авторы не разрешили - был бы медленнее?
(Если что, я смысл понял, но вы читайте сами-то, что пишите...)
и то, что вы написали.Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а
Еще раз: я понял, что вы хотели сказать, но все-таки неаккуратно как-то.
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Возможно, Вы и правы, но думаю, что смысл этой фразы поймут все, кто каким-либо образом связан с расчетами.eukar писал(а):А вы сравнитеYurii писал(а):Не совсем понял. Без разрешения нельзя было бы публиковаться. А модификация сначала была сделана из-за того, что GAMESS и PC GAMESS не позволяли расчитывать те системы, которые меня интересовали (слишком большие). Это потом я увидел, что моя версия GAMESS'а значительно быстрей PC GAMESS'а.eukar писал(а):Это прямиком в "зацените!"Yurii писал(а): Модифицированный мною GAMESS с разрешения его авторов значительно быстрей PC GAMESS'а
А если бы авторы не разрешили - был бы медленнее?
(Если что, я смысл понял, но вы читайте сами-то, что пишите...)и то, что вы написали.Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а
Еще раз: я понял, что вы хотели сказать, но все-таки неаккуратно как-то.
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Как много атомов можно вкдючить в расчет?Yurii писал(а):Всем хорош Gaussian, но для расчетов больших молекулярных систем полуэмпирическими методами не годится. Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а при расчете больших молекулярных систем полуэмпирическими методами и позволяет расчитывать значмтельно большие системы, чем GAMESS и PC GAMESS. Соответствующие статьи [9-11] можно скачать со страницы, посвященной процессору P4: http://www.thesa-store.com/products/
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Последяя версия моей модификации распространяется только на технологию EM64T. Это вызвано двумя причинами.Vasil_ писал(а):Как много атомов можно вкдючить в расчет?Yurii писал(а):Всем хорош Gaussian, но для расчетов больших молекулярных систем полуэмпирическими методами не годится. Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а при расчете больших молекулярных систем полуэмпирическими методами и позволяет расчитывать значмтельно большие системы, чем GAMESS и PC GAMESS. Соответствующие статьи [9-11] можно скачать со страницы, посвященной процессору P4: http://www.thesa-store.com/products/
Первая и основная: объем оперативной памяти неограничен.
Вторая: операции BLAS level 3 (типа умножения матрицы на матрицу) под EM64T выполняются значительно быстрей, чем под IA32 (этому способствует умелое использование дополнительных регистров, хотя под EM64T программирование BLAS level 3 примитивно - с этой задачей может справиться любой талантливый старшекурник, чего не скажешь о IA32).
Максимальное количество атомов не фиксировано и определяется как размером доступной оперативной памяти, так и максимальным размером базиса. У меня стоит 4 Gb памяти и я под ней могу считать задачи с базисом, при котором размер м-ц 16800*16800. Если все атомы тяжелые, то их максимальное количество равно 16800/4=4200. Скорость моей программы под EM64T в 2 раза выше скорости PC GAMESS.
-
- Сообщения: 36
- Зарегистрирован: Чт июл 19, 2007 5:16 pm
- Контактная информация:
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Могу ли я поинтересоваться на счет сопоставимости адекватности выходных данных при работе в режиме вашей модификации и модификации типа стандартного GAMESS?Yurii писал(а):... Скорость моей программы под EM64T в 2 раза выше скорости PC GAMESS.
Да и еще вопрос о применимости вашего алгоритма (касабельно его универсальности, для разных типов расчета и разных базисов?)
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Моя модификация относится только к полуэмпирике (ее распараллеливание достигается с помощью openmp). Все остальное, что считает исходный GAMESS под Linux, считает и моя модификация под Windows x64 (правда, только на одном ядре). Результаты для 42 тестов из последней версии GAMESS для Linux и Windows полностью совпадают. Ну и пришлось покарячиться, чтобы по возможности не напрягать внешнюю память для полуэмпирики (в исходном GAMESS'е работа с внешней памятью организована совершенно бездумно. Этому есть внятное объяснение). Проделана большая работа, чтобы достичь таких результатов. Смотрю на исходный код GAMESS'а и мне становится по человечески жалко Грановского. Более-менее представляю, какую титаническую работу он проделал.antony.stasuk писал(а):Могу ли я поинтересоваться на счет сопоставимости адекватности выходных данных при работе в режиме вашей модификации и модификации типа стандартного GAMESS?Yurii писал(а):... Скорость моей программы под EM64T в 2 раза выше скорости PC GAMESS.
Да и еще вопрос о применимости вашего алгоритма (касабельно его универсальности, для разных типов расчета и разных базисов?)
Что касается воспроизводимости расчетов, то для дополнительного тестирования (как ab initio так и полуэмпирики) я использовал PC GAMESS. Многочисленные тесты показали воспроизводимость результатов.
Мою модификацию под Windows для ab initio на многоядерном процессоре не имеет смысла использовать, т.к. задействовано только одно ядро.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей